事業再構築補助金の現在地｜後継制度と採択後に残る手続き

新規の公募は終了した

結論： 事業再構築補助金の新規公募は第13回で終了しており、2025年度以降の中小企業庁の補助金公募情報に事業再構築補助金の新規募集は掲載されていません。

第13回で公募が終わった

事業再構築補助金の公式サイトでは、交付申請のページが第13回公募までで構成されています。事業化状況報告のページも、第10回公募から第13回公募までを対象として案内されており、第14回以降の記載はありません。

中小企業庁が公表している補助金公募情報の一覧を見ても、2025年度・2026年度の欄に事業再構築補助金の新規公募は並んでいません。掲載されているのは、持続化補助金、デジタル化・AI導入補助金、省力化投資補助金、事業承継・M&A補助金、そして新事業進出・ものづくり商業サービス補助金です。

コロナ禍の影響を受けた事業者の業態転換を支えるという当初の目的を、制度が一区切り迎えた形といえます。

事務局は手続きの窓口として継続

新規募集は終わりましたが、事務局そのものは動いています。公式サイトには、交付申請、補助事業実施、実績報告、精算払請求、事業化状況報告、財産処分といったページが並び、2026年に入ってからも更新が続いています。

2026年6月29日には事業化状況報告のかんたんマニュアルが公開され、同年3月には補助事業の手引きが更新されました。事業は終わっていないということです。

なお中小企業等事業再構築促進事業は、中小企業庁より採択され、中小企業庁および中小企業基盤整備機構の監督のもと、株式会社パソナが事務局業務を運用しています。

いま使える後継制度

これから新しい事業に取り組みたい会社が見るべきなのは、後継にあたる制度です。事業再構築補助金の後を受けて中小企業新事業進出補助金が設けられ、その後2026年6月からものづくり補助金と統合されて、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金になりました。

制度名が3代にわたって変わっているため、検索で古い記事に当たりやすい領域です。「補助率3分の2」といった記述を見つけても、それがどの制度のどの公募回の話なのかを確かめる必要があります。

後継制度への引き継がれ方

結論： 新事業への進出を支える枠組みは、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の新事業進出枠に引き継がれています。

（出典：中小企業基盤整備機構「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 補助金概要」、事業再構築補助金事務局「事業化状況報告 かんたんマニュアル」）

大きな設備投資や建物への投資を伴う新事業を支える、という骨格は共通しています。補助率が2分の1を基本とし、賃上げの達成を条件に上限が上がるという設計も似ています。

事業再構築補助金の申請書を作った経験がある会社なら、計画づくりの勘所はそのまま活かせます。

一方で、要件の重さは変わりました。新事業進出枠では、付加価値額の年平均成長率4.0%以上に加え、一人当たり給与支給総額の年平均成長率3.5%以上、事業場内最低賃金が地域別最低賃金より30円以上高い水準といった条件が課され、これらは未達の場合に返還義務があるとされています。

補助下限が750万円という点も、事業規模の面で入口を絞る要素になっています。

採択済み事業者に残る5年間の報告

結論： 事業再構築補助金の補助事業者は、補助事業の完了日が属する年度の終了後を初回として、以降5年間にわたり事業化状況・知的財産権報告を行う必要があります。

事業化状況報告の期間と、提出する書類

事務局が2026年6月に公開した事業化状況報告のかんたんマニュアルには、次のように示されています。

補助事業者は、採択された事業計画書に基づく補助事業の完了日が属する年度の終了後を初回として、以降５年間、事業化状況・知的財産権報告が必要です

補助金が振り込まれた時点では終わりません。そこから5年、毎年の報告が続きます。「もう終わった話だと思っていた」というお声を何度も聞いてきましたが、制度としては続いています。

報告では決算書を提出し、あわせて労働者名簿または法人事業概況説明書を出します。賃上げなどの数値目標を達成することを条件に補助金の上限額や補助率が引き上げられた事業者は、原価報告書や賃金台帳等の提出を求められる場合があります。

決算書と法人事業概況説明書は、いずれも税務申告の一環で作る書類です。顧問税理士が持っている資料と重なるため、報告の時期に合わせて依頼すると手戻りが減ります。

事業化の5段階

システムでは、補助事業の事業化の有無を選び、事業化ありの場合は第1段階から第5段階までのどこにあたるかを選択します。第1段階が試作や宣伝を行っている状態、第2段階が注文や契約が取れている状態、第3段階が1つ以上の販売やサービスの提供がされている状態、第4段階が継続的に販売をしているが利益は出ていない状態、第5段階が継続的に販売をしており利益が出ている状態です。

マニュアルは、補助事業の売上計上があれば第1・第2段階を選択しないと注意しています。売上が立っているのに第1段階を選ぶと、決算書の数字と食い違います。

なおここでいう補助事業とは、新たに取り組む事業として事業計画書に記載されている事業を指します。既存事業や事業計画に記載のない新規事業の状況は含みません。

収益納付という仕組み

結論： 補助事業で導入した設備等を活用した結果、一定以上の利益が生じた場合には、補助金の額を上限として収益納付が必要になります。

利益が出たときの納付

事務局のマニュアルは、収益納付について、補助事業で導入した設備等を活用した結果、一定以上の利益が生じた場合、補助金の額を上限として収益納付しなければならないと説明しています。

補助金は返さなくてよいお金だと理解している経営者は多いのですが、この制度では利益の状況によって返す場面があります。しかも上限は受け取った補助金の額そのものです。

赤字の年度の免除

同じマニュアルは、事業化状況等報告の該当年度の決算が赤字の場合は免除されるとも記しています。つまり赤字の年は納付が生じません。

この扱いは、決算の着地に関心を向けさせる要素になります。とはいえ、納付を避けるために利益を圧縮するという発想は本末転倒です。事業として黒字を積むほうが会社の価値は上がります。

本年度納付額の確認

算定に使われるのは、事業化状況報告システムに入力された補助事業に係る売上や費用、決算時の情報です。入力すると本年度納付額という項目に金額が表示され、マニュアルは、本年度納付額が1円以上であれば納付が必要だと注意しています。

入力する数値が正しくないと、納付額もずれます。売上と原価をどの範囲で拾うかは、補助事業に紐づくものに限られるため、社内の管理会計と切り分ける作業が要ります。ここは決算書を作る側と相談しながら進めるほうが確実です。

要件未達での返還

結論： 賃上げなどの数値目標を条件に補助金の上限額や補助率が引き上げられた事業者は、目標を達成できなかった場合に引き上げられた分の返還を求められることがあります。

引き上げられた分の返還

事務局のマニュアルは、要件未達について、対象を賃上げなどの数値目標を達成することを条件に補助金の上限額や補助率が引き上げられた事業者とし、要件を満たさない場合には引き上げられた分の補助金を返還してもらう場合があると示しています。

全額ではなく上乗せ部分が対象という整理です。通常の枠で採択された会社には、この返還は関係しません。

対象になる公募回と事業類型

マニュアルは、返還が必要となる対象の事業類型を公募回ごとに整理しています。第1回から第5回は卒業枠とグローバルV字回復枠、第3回から第9回は大規模賃金引上枠、第10回・第11回は成長枠とグリーン成長枠の一部、第12回・第13回は成長分野進出枠の通常類型とGX進出類型の一部で、いずれも補助率等の引上げ要件で採択を受けた事業者が対象です。

自社がどの枠で採択されたかは、採択通知と交付決定通知で確認できます。数年前の書類を探すところから始まる会社が多いところです。

財産処分には事前承認が要る

結論： 補助事業で取得した単価50万円（税抜き）以上の機械装置等は、処分制限期間内に処分しようとするときに事務局の事前承認が必要です。

単価50万円以上の処分制限

財産処分承認申請の操作マニュアルは、取得財産等管理台帳に記載された単価50万円（税抜き）以上の財産等について財産処分や担保権設定などを行う場合のシステムだと説明しています。そのうえで、補助事業により取得し又は効用が増加した単価50万円以上の機械装置等の財産は補助事業終了後も処分制限期間内は保管する義務があり、処分しようとするときは事前に事務局の承認を得なければならないと、交付規程第24条を根拠に示しています。

売却だけでなく、廃棄、他の用途への転用、担保に入れることも財産処分にあたります。ここを知らずに設備を下取りに出してしまい、あとから承認申請の話になる例があります。

様式と申請の流れ

申請は事業化状況報告システムから行い、自己都合による処分は財産処分承認申請（様式第12-1）と財産処分報告（様式第12-3）、災害等により使用できなくなった場合は災害等による財産処分報告（様式第12-4）という様式で進みます。

順序としては、承認を得てから処分する流れです。先に処分してしまうと、後追いでは整理が難しくなります。設備の入れ替えを計画する段階で、補助金で買ったものが含まれていないかを確認する習慣を持っておくと安全です。

報告を怠ったときに起きること

結論： 事業化状況報告が行われない場合には、交付規程第22条に基づき補助金の返還および加算金の納付が必要となる場合があります。

交付決定の取消

事務局は、事業化状況報告未提出による交付決定取消事案が発生したことを公表しています。さらに2026年3月27日と同年7月17日には、補助事業者に対する交付決定の取り消しと補助金交付停止措置についての案内が出されました。

交付決定が取り消されれば、受け取った補助金は返還の対象になります。報告を出さないという選択は、実務上は成立しません。

加算金という上乗せ

返還が生じる場合には、加算金の納付が求められることがあります。元本を返すだけでは済まないということです。

担当者が退職し、システムのログイン情報が誰にも分からなくなっているという相談を受けることがあります。その状態で報告時期を過ぎると、影響が金額として跳ね返ります。IDと報告時期は、経理の年間スケジュールに書き込んでおく類の情報です。

決算作業でつまずく点

結論： 事業化状況報告では決算書の数値を転記するため、減価償却費と圧縮記帳をどう扱ったかが報告内容に直結します。

減価償却費の転記元

かんたんマニュアルは、問い合わせの多い項目として減価償却費の転記元項目を挙げています。補助事業で取得した設備の減価償却費を、決算書のどこから拾うのかという論点です。

補助金で取得した資産を圧縮記帳した場合、帳簿価額が下がるため、その後の減価償却費は小さくなります。会計上の数字と、補助事業の実態としての設備投資額が一致しないということです。ここを取り違えると、報告した数値と決算書の説明が合わなくなります。

圧縮記帳した資産の簿価

圧縮記帳は、e-Govで公開されている法人税法第42条にもとづく方法で、固定資産の取得又は改良に充てるための国庫補助金等について、返還を要しないことが事業年度終了の時までに確定した場合に適用されます。取得価額を下げることで課税のタイミングを後ろにずらす仕組みです。

処分制限期間中に設備を売却したときの簿価も、圧縮記帳をしたかどうかで変わります。財産処分の承認申請と、税務上の除却・売却の処理は別々の手続きですが、どちらも同じ資産の話です。個別の判断は税理士にご相談ください。

採択済みの会社が次に動くとき

結論： 事業再構築補助金の採択を受けた会社が後継制度に申請する場合は、前の補助事業の報告義務が続いていることを前提に計画を組む必要があります。

前の事業の義務が残ったまま

事業化状況報告の5年間が終わっていない状態でも、新しい補助金に申請すること自体は妨げられません。ただし、前の補助事業の実績が芳しくないまま次の投資に進むと、社内の管理が二重になります。

報告の年度が2つ並行し、それぞれ別のシステムで別の書類を求められる状態です。経理が1人か2人の会社では、この負荷が想像以上に重くのしかかります。次に進む前に、いま抱えている報告が何年目まで来ているのかを数える作業から入るほうが現実的です。

同じ設備を二重に載せない

前の補助事業で取得した設備を、新しい補助金の申請書に対象経費として載せることはできません。すでに補助を受けた資産を、別の制度でもう一度補助してもらう形になるためです。

処分制限期間が残っている設備は、なおさら扱いに注意が要ります。新事業の計画のなかでその設備を別の用途に使う場合、用途の変更が財産処分にあたる可能性があります。設備の一覧と取得財産等管理台帳を並べて確認しておくと、あとから戻す作業が減ります。

よくある相談事例｜業種別の受け止め方

飲食業｜採択から4年、報告を止めていた

「補助金は入金済みなので、もう関係ないと思っていました」という言葉から始まった相談です。3年目の事業化状況報告を出さないまま来ていました。

まず確認したのは、補助事業の完了日と、その日が属する年度です。そこから初回の報告時期を数え直し、未提出の回を洗い出しました。並行して、システムのログイン情報を再取得しています。決算書と法人事業概況説明書は当方で揃えられるため、社内の負担は思ったより軽く済みました。

製造業｜補助金で買った機械を入れ替えたい

導入から5年が経ち、能力の高い機械に替えたいというご相談でした。下取りの見積もりまで進んでいた段階です。

ここで止めたのは、その機械が単価50万円以上の取得財産にあたり、処分制限期間内だったためです。取得財産等管理台帳を確認し、事前の承認申請が必要だと整理しました。入れ替えの時期を1か月ほど後ろにずらすことになりましたが、承認を経てから処分する形に戻せています。

よくある質問