小規模事業者持続化補助金｜4つの枠の違いと採択後の経理

持続化補助金の4つの枠

結論： 小規模事業者持続化補助金は通常枠・災害支援枠・創業型・共同協業型の4類型で運用され、一般の中小企業が使うのは通常枠と創業型の2つです。

補助金の名前は1つでも、中身は目的別に分かれています。相談の場でも、まずここを取り違えているケースが目立ちます。中小企業基盤整備機構の案内では、4つの類型が次のように整理されています。

（出典：中小企業基盤整備機構「小規模事業者持続化補助金のご案内」）

通常枠の位置づけ

通常枠は、販路開拓と業務効率化を支えるいちばん基本の枠です。看板の製作、チラシの作成、ECサイトの構築、展示会への出展、試作品の開発などが対象になります。中小企業庁の補助金公募情報によれば、通常枠は第20回の公募要領が2026年5月27日に公開され、申請受付は同年11月5日から12月15日までとされています。

上限50万円という水準は、設備投資の補助金と比べると小さく見えます。ただ、従業員が数人の会社にとって、広告や販促に50万円を回せるかどうかは決して小さな差ではありません。

災害支援枠は10次で終了

災害支援枠は、令和6年能登半島地震と令和6年能登豪雨の被害を受けた小規模事業者の再建を支える枠でした。中小企業基盤整備機構の補助金スケジュール（2026年7月29日更新）は、この枠の公募について10次公募をもって終了となる旨を示しています。10次の申請受付は2026年7月27日から10月16日まででした。

被災地域の会社から相談を受けたとき、この終了時期を知らずに来られることがあります。制度が続いている前提で計画を立てると、あとで組み直しになります。

創業型と共同・協業型

創業型は、創業してまだ1年以内の事業者向けです。上限は200万円と通常枠より大きく、立ち上げ期の販路開拓や設備導入に充てられます。中小企業庁は創業型（第4回）の公募要領を2026年5月27日に公開し、申請受付期間を11月5日から12月15日までとしています。

共同・協業型は少し性格が違い、申請するのは個々の会社ではなく、5者以上の小規模事業者が連携する取組を支援する地域振興等機関です。商店街の合同展示会や共用設備の導入といった場面で使われます。

なお中小企業庁の案内ページには、この4つに加えてビジネスコミュニティ型の問い合わせ先も並んでいます。こちらは地域の小規模事業者団体を対象にしたもので、単独の会社が申請するものではありません。

対象になる小規模事業者の線引き

結論： 持続化補助金の対象は、商業・サービス業なら常時使用する従業員が5人以下、製造業その他なら20人以下の事業者で、この人数を1人でも超えると通常枠は使えません。

従業員数の数え方

判定の基準になるのは常時使用する従業員の数です。会社役員、個人事業主本人とその同居の親族従業員、そして一定の要件を満たすパートタイム労働者は、この人数に含めない扱いになっています。

現場では、ここの数え方でつまずく会社がとても多いです。「アルバイトを入れると6人だから無理ですよね」というご相談をよくいただきますが、勤務時間や雇用契約の中身によって結論が変わります。数える前に、雇用契約書と勤務実績を並べて確認する作業が要ります。

対象外になる法人形態

医師・歯科医師・助産師、系統出荷による収入のみの個人農業者、協同組合等の組合、一般社団法人・公益社団法人、一般財団法人・公益財団法人、医療法人、宗教法人、学校法人、農事組合法人、社会福祉法人、申請時点で開業していない創業予定者などは、通常枠の対象になりません。

法人格の話は見落とされがちです。事業の中身が販路開拓そのものでも、法人形態が理由で入口で外れることがあります。

通常枠で使える経費と上限

結論： 通常枠の補助上限は50万円ですが、賃金引上げなどの特定条件を満たす場合には上限250万円まで引き上げられる設計になっています。

上限が上がる条件

中小企業基盤整備機構の案内は、通常枠の補助上限額を50万円とし、特定条件を満たす場合に上限250万円と示しています。この特定条件は、賃金の引上げやインボイス制度への対応といった政策上の要請と結び付いており、公募回ごとに内容が改定されます。

上限が5倍になるのは大きな差です。ただ、条件を満たすために無理な賃上げを約束すると、あとで人件費が固定化します。補助金の額だけを見て決める話ではありません。

対象になる経費

対象経費の代表例は、広告費、設備投資、ECサイトの構築費、業務改善のための支出です。具体的には、チラシやパンフレットの作成、看板の設置、展示会の出展料、店舗の改装、販売管理システムの導入などが該当します。

補助対象になるかどうかは、支出の名目ではなく、経営計画に書いた販路開拓との結び付きで判断されます。同じ看板でも、計画のどこに位置づけたかで通り方が変わるのです。

対象にならない支出

一方で、汎用性が高く目的外に使えるもの、たとえば単なるパソコンやタブレットの購入、車両の購入、事務所の家賃、人件費、既存の借入金の返済などは、原則として対象になりません。

「パソコンを買い替えたいので使えますか」というお問い合わせは本当に多いのですが、ここは外れます。ITツールの導入で考えているなら、別の補助金のほうが筋が通ります。

創業型が向く場面

結論： 創業型は創業後1年以内の小規模事業者が対象で、特定創業等支援事業を受けた日と開業日がいずれも公募締切日から過去3年以内であることが求められます。

創業後1年以内の条件

創業型の対象者は、創業後1年以内の小規模事業者です。中小企業庁の案内では、創業後で事業開始前の事業者も対象に含むとされています。立ち上げの初期に200万円まで使えるのは、通常枠との大きな違いです。

創業直後は、売上がまだ立っていない一方で、看板・什器・ウェブサイトといった初期投資が集中します。この時期にまとまった補助が受けられる意味は小さくありません。

特定創業等支援事業の要件

中小企業基盤整備機構の案内は、創業型の申請要件として、商工会または商工会議所の伴走支援を受けていること、そして特定創業等支援事業を受けた日および開業日が公募締切日から起算して過去3年の間であることを挙げています。

特定創業等支援事業は、市区町村と連携機関が実施する創業セミナーや個別相談のことです。受講には期間がかかるため、申請を思い立ってから動き始めると間に合いません。創業を考えている段階で、先に自治体の窓口を確認しておくほうが現実的です。

申請の流れ｜6ステップ

結論： 持続化補助金の申請は、商工会・商工会議所への相談、GビズIDプライムの取得、経営計画の作成、電子申請、審査と交付決定、実績報告という順に進みます。

補助金は申請して終わりではありません。むしろ採択されてからのほうが作業が多いのが実際です。順を追って見ていきます。

商工会・商工会議所への相談

最初の一歩は、地区の商工会または商工会議所への相談です。中小企業基盤整備機構は申請要件として、商工会または商工会議所の伴走支援を受けていることを挙げています。ここで発行される支援機関の確認書がないと、そもそも申請が成立しません。

締切の直前は窓口が混み合います。締切の1か月前に駆け込んでも、確認書が間に合わないことがあります。日程から逆算して動くのが現実的です。

GビズIDプライムの取得

申請は電子申請で行うため、GビズIDプライムアカウントが必要です。中小企業基盤整備機構は、GビズIDの取得には時間がかかる場合があると注意を促しています。

ここが最初の関門になる会社が多いところです。印鑑証明書を添えた書類審査があり、発行までに日数を見ておく必要があります。締切から逆算すると、実質的にはいちばん先に着手すべき作業になります。

経営計画書の作り方

申請の中心は経営計画書です。自社の強み、市場と顧客の状況、これから取り組む販路開拓の内容、それによって何がどう変わるのかを書きます。

税務相談の現場で見ていると、設備や広告の中身を細かく書き込む一方で、その支出が売上にどうつながるのかの筋道が薄い計画書が目立ちます。審査で見られているのは設備の性能ではなく、事業としての説明の一貫性です。数字を置くなら、直近の決算書と矛盾しない範囲に収めることが前提になります。

採択後に発生する経理の作業

結論： 補助金は原則として後払いのため、採択されても事業者がいったん全額を立て替え、実績報告と検査を経てから入金される流れになります。

交付決定から入金までの資金繰り

流れとしては、採択の通知を受け、交付決定を受け、そのあとに発注と支払いをして、事業が完了してから実績報告を出し、内容の検査を経て補助金額が確定し、ようやく振り込まれます。つまり、支払いが先で回収があとです。

50万円の補助でも、立て替える時点では全額の支出が要ります。ここを見落として、採択後に資金繰りが締まる会社があります。私たちが申請前に入金時期を確認するのは、この順番があるからです。

消費税の仕入控除税額の返還

見落とされやすいのが消費税の扱いです。補助対象経費に含まれる消費税のうち、仕入税額控除の対象になった部分については、補助金の交付を受けた事業者が事務局へ報告し、相当額を返還する取扱いになっています。

課税事業者であれば、補助金の一部を後から返す場面が出てくるということです。免税事業者や簡易課税を選んでいる場合は扱いが変わるため、自社がどの立場かを先に整理しておくと後の作業が軽くなります。

補助金を受け取った期の税務

結論： 補助金は法人税法上の益金に算入され、返還を要しないことが確定した事業年度の収益として課税対象になります。

益金に入る時期

補助金は課税の対象です。ここは制度の性格として押さえておく必要があります。国税庁の法人税基本通達10－2－1は、返還を要しないことが確定したかどうかの判定について次のように示しています。

補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第15条《補助金等の額の確定等》の規定により交付すべき補助金等の額が確定し、その旨の通知を受けた国庫補助金等は、返還を要しないことが確定した国庫補助金等に該当する。

つまり、額の確定通知を受けた時点が1つの区切りになります。交付決定の通知と額の確定通知は別物で、日付も期もずれることがあります。決算月をまたぐときは、どちらの通知がいつ届いたかを確認する作業が要ります。

圧縮記帳が使える範囲

補助金で固定資産を取得した場合には、圧縮記帳という方法があります。e-Govで公開されている法人税法第42条第1項は、国庫補助金等の交付を受けた場合について、その国庫補助金等の返還を要しないことが当該事業年度終了の時までに確定した場合に限る、として適用の場面を限定しています。同条第3項では、確定申告書に損金算入に関する明細の記載がある場合に限り適用するとも定められています。

ここで大事なのは、圧縮記帳の対象が固定資産の取得・改良に充てた部分だという点です。チラシの作成費や展示会の出展料は固定資産になりませんから、この方法は使えません。持続化補助金は経費性の支出が多いため、圧縮記帳が使える場面はむしろ限られます。

なお圧縮記帳は税金を消す方法ではありません。取得価額を下げることで、その後の減価償却費が小さくなり、課税されるタイミングが後ろにずれる仕組みです。

つまずきやすい3つの点

結論： 持続化補助金でつまずくのは、交付決定前の発注、証拠書類の不足、そして事業実施期間の超過の3つに集中します。

交付決定より先に発注してしまう

いちばん多い失敗がこれです。採択の連絡が来た時点で発注してしまい、あとで対象外と分かるケースがあります。補助の対象になるのは、原則として交付決定を受けたあとに契約・発注して支払った経費です。

「採択されたのだから大丈夫だと思った」というお声を何度も聞いてきました。採択と交付決定は別の段階です。順番を1つ飛ばすだけで、その支出は自己負担に変わります。

実績報告の証拠書類

実績報告では、見積書、発注書、納品書、請求書、振込の記録、そして成果物の現物や写真まで求められます。銀行振込でなく現金で払っていたり、代表者の個人口座から出ていたりすると、確認に手間がかかります。

日々の記帳を整えておくと、この段階の負担がまるごと軽くなります。逆に領収書の束を年度末にまとめて処理している会社では、実績報告のためだけに数日を使うことになります。

事業実施期間の超過

3つめが期間です。補助事業には実施期間が定められており、その期間内に契約・納品・支払いまでを終える必要があります。工事や設備の導入は納期が読みにくく、部材の入荷待ちで年度をまたいでしまう例があります。

期間を過ぎた支出は、内容が計画どおりでも対象から外れます。「間に合わなかったぶんは翌年に回せますよね」と聞かれることがありますが、そういう扱いにはなりません。発注先には、見積の段階で納期を書面に残してもらうのが安全です。

あわせて、事業実施期間中に事業内容を変えたくなった場合は、勝手に変更せず事務局への手続きが要ります。看板のデザインを変える程度なら問題になりませんが、補助対象の設備そのものを別のものに差し替えるようなときは、変更の承認を先に取る流れになります。

よくある相談事例｜業種別の受け止め方

飲食店｜テイクアウト用の販促に使いたい

「テイクアウトを始めたので、チラシと看板を作りたい」というご相談でした。話を聞くと、開業から8か月とのことで、通常枠ではなく創業型の対象になり得る状況でした。

進め方はこうです。まず商工会議所で特定創業等支援事業の受講記録を確認し、次にGビズIDプライムの取得を先行させました。並行して、テイクアウトの売上目標と客単価を直近の試算表から組み立て直しました。締切の3か月前に着手したため、確認書の取得まで無理なく収まりました。

建設業｜職人4人の会社で人手が足りない

「現場は回っているが事務が追いつかない」という状態からのご相談です。従業員は4人でしたが、製造業その他の区分に当たるため20人以下の基準には十分収まっていました。

このケースで先に整理したのは、補助対象になる支出とならない支出の切り分けです。事務のパソコンは対象外になる一方で、施工実績を載せるウェブサイトの構築は販路開拓として説明が立ちます。予算の組み方を変えただけで、申請できる形になりました。

よくある質問