個人事業主の税務調査｜対象の選ばれ方と準備

個人でも調査は行われている

結論： 令和6事務年度の所得税の調査等は73万6千件で、そのうち申告漏れ等の非違があった件数は36万9千件でした。

国税庁の同資料によれば、実地調査は4万7千件、簡易な接触は68万9千件です。件数で見れば、9割以上が臨場を伴わない確認です。

調査等による追徴税額は1,431億円で、過去最高と示されています。実地調査による追徴税額は1,132億円、1件当たりでは241万円でした。

売上1千万円に満たない事業者にも、簡易な接触の形で確認は入ります。「まだ小さいから」という基準で選ばれているわけではありません。

実地調査と簡易な接触の違い

結論： 簡易な接触は、文書や電話、来署依頼によって申告内容を確認するもので、自宅や事務所への臨場を伴いません。

国税庁の説明、3つの区分、特別調査は日数が違う

国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」は、簡易な接触について「原則、納税者宅等に臨場することなく、文書、電話による連絡又は来署依頼による面接を行い、申告内容を是正するもの」と説明しています。

同資料は、特別調査について「多額な脱漏が見込まれる個人を対象に、相当の日数（１件当たり 10 日以上を目安）を確保して実施している」と説明しています。

行政指導として行われるものと、調査として行われるもの

簡易な接触の多くは、行政指導として行われます。国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」は、申告書に計算誤りや記載漏れなどがあると思われる場合に、自発的な見直しを要請し、必要に応じて修正申告書の自発的な提出を要請することがあると説明しています。この行政指導に応じて自主的に修正申告書を提出した場合、延滞税は生じても過少申告加算税は課されません。届いた文書の性質によって、その後の負担が変わります。

一方で、簡易な接触という区分がすべて行政指導というわけではありません。国税庁「調査手続の実施に当たっての基本的な考え方等について（事務運営指針）」は、調査または行政指導に当たる行為を行う際は、対面・電話・書面といった態様を問わず、どちらの事務として行うかを明示すると定めています。文書や電話で連絡が来た場合は、どちらの事務として連絡が来ているのかを確認してください。調査であれば、自発的な提出という扱いにはなりません。

どんな人が選ばれるのか

結論： 選定では、売上や利益の推移、同業との比較、資料情報との突合、そして申告の有無が見られます。

売上は伸びているのに所得が横ばい、経費率が同業より高い、ある年だけ利益が落ちている。理由があるなら問題ありませんが、説明が用意されていないと確認の対象になります。

報酬の支払先から提出される支払調書、取引先の調査で押さえられた資料。相手方に記録が残る取引は、こちらの申告と突き合わせられます。

無申告は重点的に見られる領域です。「申告していないのだから、そもそも把握されていないはずだ」と考える方がいますが、支払う側には記録があります。

申告漏れが多い業種

結論： 国税庁は、事業所得を有する個人について、1件当たりの申告漏れ所得金額が高額な業種を毎年公表しています。

申告漏れの金額が大きい業種は、国税庁が毎年公表しており、令和6事務年度は次のとおりです。上位に並ぶのは、現金でのやりとりが多い業種と、取引の記録が残りにくい業種です。まず数字を見たうえで、なぜそうなるかを考えます。

上位には、現金でのやりとりが多い業種が並びます。売上の記録が事業者側にしか残らないほど、確認が必要と判断されやすくなります。

この一覧は、調査で見つかった金額の平均です。同じ業種だから狙われる、という意味ではありません。記録の残し方が問われている、と読むほうが実務に合います。

無申告への対応

結論： 無申告者に対する調査は、1件当たりの申告漏れ所得金額が実地調査全体の2倍で、追徴税額も1.8倍でした。

国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」によれば、所得税の無申告者に対する実地調査は4,812件で、1件当たりの申告漏れ所得金額は2,992万円、追徴税額は524万円でした。実地調査全体はそれぞれ1,486万円、299万円です。

消費税の無申告者に対する実地調査は5,575件、1件当たりの追徴税額は296万円で、消費税の実地調査全体の153万円の1.9倍でした。

無申告加算税は、調査の通知を受ける前に自主的に期限後申告をした場合、5パーセントとされています。通知後は割合が上がります。

ネット取引・副業への調査

結論： ネット通販、アフィリエイト、暗号資産などの取引も調査の対象で、暗号資産等取引は1件当たりの追徴税額が全体の2.5倍でした。

国税庁の同資料によれば、シェアリングビジネス、ネット広告、デジタルコンテンツ、ネット通販などに係る取引を行っている個人への実地調査は1,155件で、1件当たりの申告漏れ所得金額は1,595万円でした。

実地調査は613件、1件当たりの申告漏れ所得金額は2,538万円、追徴税額は745万円です。所得税の実地調査全体の299万円と比べて2.5倍と示されています。

国税庁の調査事例には、給与収入のほかにゲーム機器やスマートフォンの転売による収入があるのに申告していなかった個人への課税事例が掲載されています。取引の相手方や決済の記録から把握される、という構図です。

売上で見られるところ

結論： 売上については、計上時期、現金売上の記録、そして家族名義や個人口座への入金が確認されます。

年をまたぐ売上の計上漏れは、意図がなくても起きます。12月納品・翌年1月入金の取引が、その年の売上に入っているかを確認されます。

レジのデータ、日計表、手書きの売上帳。記録が事業者側にしかない以上、日々の記録の残り方が問われます。

事業用と個人用の口座を分けていないと、どれが売上でどれが生活費か判別できません。「分けたほうがいいと言われていたのですが、そのままで」というお声はよくいただきます。分けるだけで、説明の手間が大きく減ります。

経費で見られるところ

結論： 経費については、事業との関連、家事按分の根拠、そして高額な支出の内容が確認されます。

自宅兼事務所の家賃、水道光熱費、通信費、自動車。割合そのものより、なぜその割合なのかを説明できるかが問われます。

床面積の比、使用時間の記録、走行距離の記録。根拠が残っていれば、割合の議論は短く済みます。

家族との食事、友人との会食。事業との関連が説明できない支出が並ぶと、他の項目まで確認が広がります。

車両、パソコン、機材。事業での使用状況と、減価償却の処理を確認されます。

家族への給与

結論： 家族への給与は、青色事業専従者給与か白色の事業専従者控除かで扱いが分かれ、実際の勤務実態が確認されます。

青色事業専従者給与の要件

事前に届出をしていること、届出の範囲内の金額であること、専従の実態があることが前提です。届出をしていない、あるいは金額が届出と違う場合には認められません。

届出書に記載した金額を上回って支給すると、上回った部分だけでなく、実態との整合性そのものを疑われる原因になります。届出の内容と実際の支給額は、毎年見比べておく価値があります。年の途中で仕事の内容が変わったときも、届出を出し直しているかを確認しておくと安心です。

白色の事業専従者控除と、実態の確認

配偶者86万円、その他の親族50万円という上限のある事業専従者控除です。金額を自由に決められる仕組みではありません。

勤務の内容、時間、他に職業がないか。名前だけで給与を出している状態は、確認の対象になります。青色・白色のどちらであっても、実際に働いているという事実がなければ、届出や上限の範囲内であっても認められません。

白色と青色で違うところ

結論： 白色と青色では、帳簿の水準と保存期間、そして受けられる特典が違い、調査での説明のしやすさにも差が出ます。

帳簿の保存期間

国税庁「白色申告者の記帳・帳簿等保存制度」によれば、収入金額や必要経費を記載した法定帳簿は7年、それ以外の帳簿と、棚卸表・請求書・領収書などの書類は5年の保存が必要です。

白色申告であっても、保存の義務そのものは続きます。青色との違いは記帳の水準であって、書類を残す義務は白色にも同じようにあります。保存する場所も、調査で提示を求められたときにすぐ出せる状態にしておくことが大切です。

青色申告の特典と、記帳が弱いと加重されること

正規の簿記の原則による記帳と電子帳簿保存または電子申告の要件を満たせば、青色申告特別控除が受けられます。専従者給与、純損失の繰越しも青色の制度です。

売上に関する帳簿の提示等を求められて応じなかった場合や、記載が著しく不十分だった場合には、加算税に10パーセントまたは5パーセントが加重されます。帳簿の有無は、負担の重さに直結します。

事前通知と当日の進み方

結論： 個人の調査でも事前通知が原則で、自宅が事務所を兼ねている場合は、生活空間との切り分けを事前に相談しておきます。

国税通則法第74条の9第1項は、事前通知として「調査を開始する日時」「調査を行う場所」「調査の目的」「調査の対象となる税目」「調査の対象となる期間」などを通知するものと定めています。

家族の生活空間まで当然に見られるわけではありません。事業に関係する部分と、そうでない部分の切り分けは、あらかじめ相談できます。

同条第2項は、合理的な理由を付して変更を求められた場合、税務署長等は協議するよう努めるものとすると定めています。繁忙期や体調の事情は伝えて構いません。

準備しておくもの

結論： 個人の調査では、帳簿、通帳、請求書と領収書、家事按分の根拠、そして家族への給与関係の5つが中心です。

そろえる資料

1. 帳簿（売上帳・経費帳・現金出納帳）と確定申告書の控え
2. 通帳（事業用・個人用の両方を求められることがある）
3. 請求書・領収書・レシート（年別・月別に整理）
4. 家事按分の根拠となる資料（賃貸借契約書、間取り、走行距離の記録）
5. 家族への給与に関する届出と勤務の記録

この5つは、日頃の記帳の延長で揃えておくのが理想です。調査の連絡を受けてから慌てて集めようとすると、抜けが出やすくなります。

通帳を分けていない場合と、足りないときの対応

生活費との区別を説明する必要があります。過去に遡って分けることはできないため、記憶が残っているうちに整理しておきます。

無いものを作ることはできません。無い理由と、代わりに示せる事実を整理するほうが早く進みます。通帳が事業用・個人用に分かれていない場合は、事業に関わる入出金だけでも印をつけて説明できるようにしておきます。

指摘を受けたときの負担

結論： 個人の場合も、本税に加えて加算税と延滞税が課され、無申告であれば割合が上がります。

加算税の割合

財務省「加算税制度の概要」によれば、過少申告加算税は原則10パーセント（超過部分15パーセント）、無申告加算税は50万円以下15パーセント、50万円超300万円以下20パーセント、300万円超30パーセントです。仮装隠蔽があれば、過少申告に代えて35パーセント、無申告に代えて40パーセントの重加算税です。

延滞税と、消費税も同時に動くこと

国税庁「延滞税の割合」によれば、令和8年1月1日から令和8年12月31日までは、納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8パーセント、それ以降が年9.1パーセントです。

加算税とは別に、日数で増えていくものもあります。

売上の計上漏れが見つかれば、所得税だけでなく消費税にも影響します。インボイス登録をしている場合は、課税事業者としての申告内容も確認されます。

消費税で見られるところ

結論： 個人事業者の消費税の調査等は、令和6事務年度に18万5千件と前年の1.5倍に増えており、課税事業者になったあとの処理が確認されます。

件数が大きく増えている。課税事業者かどうかの判定

国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」によれば、消費税（個人事業者）の調査等は18万5千件で、前事務年度の12万件から増えました。うち非違があった件数は10万1千件、追徴税額は421億円です。

基準期間の課税売上高が1千万円を超えているかどうか、特定期間の判定に該当しないかどうか。売上の計上漏れが見つかると、この判定そのものが変わることがあります。

仕入税額控除の要件と、特例の適用期間

インボイス制度の開始後は、登録番号の記載された請求書等の保存と、帳簿の記載事項が要件になっています。簡易課税を選んでいる場合は、事業区分の判定が論点です。

控除の要件と並んで、期間の管理も見られます。

小規模な事業者向けの特例には適用できる期間が定められており、経過措置の内容も改正で変わっています。自分がどの方法で申告しているかを、毎年確認しておくことになります。

税理士に頼むかどうか

結論： 顧問税理士がいない状態で通知を受けた場合でも、そこから立会いを依頼することはできます。

依頼できること

対象期間の資料の整理、論点の洗い出し、当日の立会い、指摘を受けた場合の修正申告。準備の段階から入るほど、当日に説明できる範囲が広がります。

通知を受けてから依頼しても遅くはありません。ただし、資料が整理されていない状態から始まるため、当日までに使える時間は短くなります。早い段階で相談するほど、論点を整理する時間を確保できます。

費用の考え方と、自分で対応する場合

立会いは日数と準備の量で決まります。顧問契約がない場合は、資料の整理から始めるぶん工数が増えます。依頼の前に金額を確認しておくことをお勧めします。

対応できないわけではありません。ただ、事業と生活の境目や、家事按分の考え方は、説明の仕方で受け取られ方が変わります。判断に迷う論点があるなら、相談だけでもしておくほうが安全です。

普段からできる備え

結論： 備えは、口座を分けること、月次で記帳すること、按分の根拠を残すことの3つに集約されます。

口座とカードを分ける。月ごとに記帳する

事業用と生活用を分けるだけで、説明の手間が大きく減ります。開業時にやっておけば、あとから遡る作業が要りません。

途中からでも遅くありません。分けた日から先は説明が簡単になり、それ以前の分だけを整理すればよくなります。

年末にまとめて処理すると、3年前の取引の理由を思い出せません。月次の記帳は、いわば家計簿を毎月つけるようなものです。まとめてやろうとするほど、記憶は薄れます。

按分の根拠を1枚残す。レシートは月ごとにまとめるだけでよい

間取り図に事業使用部分を書き込む、走行距離を月末に記録する。それだけで、翌年以降も同じ説明が使えます。

根拠を残すのと同じくらい、資料の集め方も簡単で構いません。

きれいに台紙へ貼る必要はありません。月ごとに封筒へ入れ、封筒に年月を書いておく。この程度でも、数年後に必要な月をすぐ取り出せます。整理の完成度より、取り出せることのほうが実務では大事です。

よくある相談事例｜個人事業の3つの場面

開業6年目で初めて通知を受けたコンサルタント／通帳を分けていなかったネット物販

売上は毎年伸びていましたが、経費率が同業より高い状態が続いていました。家事按分の根拠を整理し、按分の考え方を説明する資料を作って臨んでいます。指摘は一部の交際費にとどまりました。

初回かどうかと同じくらい、口座の分け方でも進み方が変わります。

事業の入金と生活費が同じ口座に混在していました。3年分の入出金を仕分けし直す作業に、2週間かかっています。翌年から口座を分けました。

副業の収入を申告していなかった会社員／専従者給与を否認された飲食業

転売による収入がありながら、給与以外の申告をしていませんでした。過去分の期限後申告を行い、無申告加算税と延滞税が生じています。「バレないと思っていました」という言葉が、いちばん多く聞く一言かもしれません。

配偶者への給与について、届出の範囲を超える金額を支給していました。届出書の内容と支給額を突き合わせられ、超過部分が否認されています。

よくある質問

まとめ：分けておくだけで、説明が短くなる

個人事業主にも税務調査はあります。令和6事務年度の調査等は73万6千件、うち非違があったのは36万9千件でした。件数の9割以上は臨場を伴わない簡易な接触です。

見られるのは、売上の計上時期と現金の記録、経費の家事按分、家族への給与。いずれも、事業と生活の境目にある項目です。法人より、この境目の論点が多くなります。

無申告は、1件当たりの申告漏れ所得金額が実地調査全体の2倍でした。ネット取引や暗号資産も、資料情報の収集の対象として明記されています。記録が残らない取引、という前提は成り立ちません。

備えは3つだけです。口座を分ける、月ごとに記帳する、按分の根拠を1枚残す。どれも調査のためというより、確定申告そのものを楽にする作業でもあります。

申告に不安のある方、通知を受けて何から手を付けるか迷っている方は、税理士法人Light UPの無料相談をご利用ください。直近3年分の申告書と帳簿の状態を確認し、優先順位をつけて整理します。

出典

• 国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（令和7年12月）
• 国税庁「白色申告者の記帳・帳簿等保存制度」（タックスアンサー）
• 国税庁「延滞税の割合」（令和8年1月1日から令和8年12月31日までの割合）
• 財務省「加算税制度の概要」
• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」
• 国税庁「調査手続の実施に当たっての基本的な考え方等について」（事務運営指針）
• e-Gov法令検索「国税通則法」第70条・第74条の9

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【メタディスクリプション】
個人事業主の税務調査について、対象の選ばれ方から準備まで整理しました。実地調査と簡易な接触の違い、申告漏れが多い業種、無申告やネット取引への対応、家事按分と家族への給与の見られ方、白色と青色の違いまで解説します。

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更新日 2026年9月4日

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