税務調査が入るとどうなるか｜当日から終了後までに起きること
監修税理士法人Light UP 代表社員（税理士） 中村 清誉
「調査が入ると、会社はどうなってしまうんでしょうか」。「取引先や銀行に知られますか」――連絡を受けた直後のご相談は、ほとんどがこの不安から始まります。
税務調査が入ると起きるのは、①経営者と経理担当の時間が数日分取られる、②指摘があれば本税・加算税・延滞税を納める、③決算書の数字が変わり融資の説明が必要になる、の3つです。会社の存続に直結する話は、通常の調査ではまず起きません。
税理士法人Light UPでは、通知を受けた段階で、起こりうることと起こらないことを先に分けて説明しています。不安の大半は、起こらないことまで想像していることから来ているためです。
この記事では、当日に何が起きるのか、指摘があった場合となかった場合で何が変わるのか、そして波及する範囲はどこまでかを、条文と国税庁の公表数値をもとに整理します。
結末は3つしかない
結論： 税務調査の結末は、指摘なしの是認、修正申告に応じる、更正処分を受けるの3つで、それ以外の終わり方はありません。
指摘なしで終わることもある。修正申告と更正処分
国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」によれば、法人税の実地調査5万4千件のうち非違があった件数は4万2千件でした。差の1万件以上は、指摘なしで終わっています。
調査が入る＝必ず税金を取られる、という前提が、そもそも事実と違います。
指摘を受け入れて自ら申告し直すのが修正申告です。多くの調査はこの形で終わります。応じるかどうかは選べます。
見解が分かれたまま合意しなければ、税務署が職権で税額を訂正します。これが更正です。処分に不服があれば、再調査の請求や審査請求という争う手段が残ります。
当日に取られる時間
結論： 実地調査は1日から3日で、経営者が拘束されるのは主に初日の午前、経理担当は追加資料の対応も含めて数日分の時間を使います。
経営者が必要になる場面、経理担当の負担、現場の業務は止まらない
初日の午前は、事業の概況を聞かれるため、経営者本人の同席が求められます。午後の帳簿確認は、質問に答えられる方がいれば足ります。
当日より、その前後です。対象期間の資料をそろえる作業と、調査後に依頼される追加資料の対応が続きます。ここは業務時間を確保しておく必要があります。
工場や店舗の営業を止める必要はありません。ただし、現金商売の場合はレジの現況を確認されることがあります。
見られる範囲
結論： 調査で見られるのは、事前通知で示された税目と期間に関する帳簿書類で、通知外の事項に非違が疑われた場合には範囲が広がります。
通知された範囲が基本、疑いが出れば広がる、個人の通帳
事前通知では、対象税目と対象期間、対象となる帳簿書類が示されます。まずはその範囲です。
国税通則法第74条の9第4項は、通知した目的・税目・期間・物件以外の事項について非違が疑われた場合、その事項について質問検査等を行うことを妨げないと定めています。
3年分と通知されていても、その3年で問題が見つかれば、同じ論点が過去の期間まで確認されます。
会社の資金と個人の資金が行き来している疑いがあれば、経営者や家族名義の口座の動きを尋ねられることがあります。会社の売上が個人口座に入っていないかを確かめるためです。
指摘がなかった場合
結論： 更正決定等をすべきと認められない場合は、その旨が書面で通知され、追加の納税は生じません。
是認通知は書面で来る。次が来ないわけではなく、得られるものもある
国税通則法第74条の11第1項は、「その時点において更正決定等をすべきと認められない旨を書面により通知するものとする」と定めています。口頭で終わりではなく、書面が残ります。
同条第5項により、新たに得られた情報に照らして非違があると認めるときは、その後も質問検査等ができます。是認は、その時点での判断です。
処理の考え方が税務署の見方と一致していることを確認できます。翌期以降、同じ論点で迷わなくなるという意味では、無駄な数日ではありません。
指摘があった場合に納めるもの
結論： 指摘を受けると、不足していた本税に加えて、加算税と延滞税の3つを納めることになります。
3つの内訳、加算税の割合、延滞税は遡った年数だけ増える
| 種類 | 性質 | 目安 |
|---|---|---|
| 本税 | 本来納めるべきだった税額 | 指摘された所得に対応する額 |
| 加算税 | 申告が正しくなかったことへの負担 | 原則10〜15パーセント、仮装隠蔽は35パーセント |
| 延滞税 | 納付が遅れた期間の利息に相当 | 令和8年は年2.8パーセント・9.1パーセント |
財務省「加算税制度の概要」によれば、過少申告加算税は原則10パーセント、期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分は15パーセントです。無申告加算税は50万円以下15パーセント、50万円超300万円以下20パーセント、300万円超30パーセントとされています。
国税庁「延滞税の割合」によれば、令和8年1月1日から令和8年12月31日までは、納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8パーセント、それ以降が年9.1パーセントです。
3年前の期を修正すれば、その3年分の利息が付きます。本税より延滞税に驚かれる場面は、実際によくあります。
一つの指摘が複数の税目に波及する
結論： 法人税の指摘は、消費税や源泉所得税にも同時に影響することがあり、納める税額は一つの税目にとどまりません。
経費の否認は消費税へ、役員への支出は源泉所得税へ、3つ重なると読みにくい
課税仕入れとして控除していた支出が否認されれば、その分の仕入税額控除も認められません。法人税と消費税の両方で追加が生じます。
会社の経費が、実質的に役員個人への支出だと判断されると、役員賞与として扱われます。定期同額給与や事前確定届出給与に当たらなければ損金にならず、さらに源泉所得税の徴収漏れが生じます。
国税庁の令和6事務年度の資料では、源泉所得税の実地調査6万4千件で404億円が追徴され、1件当たりは63万円でした。
一つの否認が、法人税・消費税・源泉所得税に分かれて出ます。指摘の金額を聞いたときの印象より、最終的な負担が大きくなるのはこのためです。
指摘として多いもの
結論： 指摘が集中するのは、売上の計上時期、原価と外注費、経費に混じった私的な支出、そして在庫の4つです。
国税庁が公表している不正の手口
国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」には、調査で把握された手口が事例として並んでいます。売上伝票を破棄して現金売上を除外した事案、売上代金を代表者の個人口座に入金させて除外した事案、偽りの請求書で外注費を仮装した事案、偽りの出勤表で架空の人件費を計上した事案などです。
いずれも、記録を作り替えている点で共通します。ここに当たると、加算税は重加算税に切り替わります。
悪意がなくても起きる指摘と、業種によって見られる場所が違うこと
一方、実務で多いのは、意図のない誤りです。期末近くの売上が翌期に入っていた、前払費用を全額その期の経費にしていた、私的な支出が経費に紛れていた。
「知らずにやっていた」で済まないのが税の世界ですが、仮装隠蔽とは扱いが分かれます。加算税の割合が違うのは、この線引きによるものです。
現金商売なら売上、建設業なら外注費と工事の期ずれ、小売業なら在庫。同じ調査でも、重点は業種で変わります。自社で狙われやすい科目は、あらかじめ整理しておけます。
調査のあとに変わる運用
結論： 指摘を受けた項目は、翌期以降も確認の対象になるため、処理そのものではなく運用の仕組みを変えることになります。
規程と契約書を整え、証憑の残し方を決め、月次で締める体制へ
外注費と給与の区分を指摘されたなら、契約書と請書の形を整えます。出張旅費を指摘されたなら、規程の有無と支給基準を見直します。書類がないままの運用を続ければ、次も同じことを聞かれます。
棚卸表に作成日と担当者名を入れる、交際費の領収書に相手先と目的を書く、現場写真を残す。手間のように見えて、後から説明する時間より短く済みます。
年に一度まとめて処理していると、3年前の取引の理由を誰も覚えていません。月次決算は、いわば会社の毎月の健康診断に近いものです。年1回しか体重計に乗らなければ、増えた理由も分かりません。
個人事業主・一人社長の場合
結論： 個人事業者や一人社長の会社では、事業と生活の境目にある支出が中心に確認され、経営者本人の時間が丸ごと取られます。
生活費との区分、経営者本人が拘束されること、無申告だった場合
自宅兼事務所の家賃、自動車、通信費、飲食費。家事按分の根拠を尋ねられます。割合そのものより、なぜその割合なのかを説明できるかどうかが問われます。
資料も記憶も一箇所に集まっているため、聞き取りは早く進みます。その分、代わりに答えられる人がいません。業務を止める段取りが要ります。
国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」によれば、所得税の無申告者に対する実地調査は4,812件で、1件当たりの申告漏れ所得金額は2,992万円でした。実地調査全体の1,486万円のちょうど2倍です。
決算書が変わることの影響
結論： 修正申告をすると過去の決算内容が変わるため、金融機関へ提出済みの決算書との差異について説明が必要になる場合があります。
融資審査への影響、説明を先に用意する、納税資金の手当て
金融機関は決算書を基準に判断しています。利益が増える方向の修正であれば説明はしやすく、経費の否認による修正であれば、再発防止の説明を求められることがあります。
指摘の内容、金額、原因、翌期以降の運用変更。この4点を1枚にまとめておくと、質問への回答が揃います。
本税・加算税・延滞税をまとめて納めるため、資金繰りに影響します。一括が難しい場合は、猶予の制度について納期限の前に相談することになります。
重加算税が課された場合に続くこと
結論： 重加算税は仮装隠蔽があった場合に課されるもので、その後の調査間隔や加算税の割合にも影響が残ります。
割合そのものが重い、5年以内の繰り返し、調査の間隔
仮装隠蔽があった部分は、過少申告に代えて35パーセント、無申告に代えて40パーセントです。
過去5年以内に無申告加算税または重加算税を課されたことがある場合、10パーセントが加算されます。一度の指摘が、次の指摘の重さにつながります。
不正が認定された会社は、その後も確認の対象になりやすくなります。長期にわたって影響が残る、という意味では、金額以上の負担です。
青色申告の承認が取り消される場合
結論： 帳簿書類に隠蔽仮装があった場合など、法人税法127条に該当すると、青色申告の承認が遡って取り消されることがあります。
条文が挙げる4つの事実、取り消されると失うもの、通常の指摘では起きない
e-Gov法令検索の法人税法第127条第1項は、帳簿書類の備付け・記録・保存が財務省令に従っていないこと、税務署長の指示に従わなかったこと、「取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録し」たこと、確定申告書を提出期限までに提出しなかったことを挙げています。
欠損金の繰越控除、少額減価償却資産の特例、各種の税額控除。青色申告を前提にした制度が使えなくなります。過去に遡って取り消されれば、その期の申告もやり直しです。
計算誤りや区分の相違で取り消されることはありません。条文が挙げているのは、隠蔽仮装や無申告といった事実です。
外部に知られるか
結論： 税務調査が行われた事実が公表されることはありませんが、反面調査が行われれば取引先には確認の連絡が入ります。
公表される仕組みはない。取引先への伝わり方と、従業員への伝え方
調査を受けたこと、指摘を受けたことが、官報や公的なリストに載ることはありません。国税庁の職員には守秘義務があります。
自社の資料で事実が確認できない場合、相手方に確認が入ります。連絡が入るのは、確認したい取引の相手方に限られます。「取引先に迷惑をかけたくない」というお声は本当に多いのですが、これは資料の整備で減らせる部分です。
全員に知らせる必要はありません。ただ、当日に見慣れない人が出入りするため、資料を扱う担当者には事前に伝えておくほうが混乱しません。
伝えるときは、何か問題があったからではなく、申告内容の確認である旨をそのまま説明すれば足ります。伏せようとするほど、かえって憶測が広がります。
税額以外にかかる費用
結論： 調査で生じる負担は納税だけでなく、税理士の立会い費用と修正申告の報酬、そして社内の作業時間が加わります。
立会いの費用、修正申告の報酬、社内で使う時間
顧問契約に含まれている場合と、別料金の場合があります。日数と事前準備の量で決まるため、依頼の前に確認しておくことをお勧めします。顧問税理士がいない状態から依頼する場合は、資料の整理から入るぶん、準備の工数が増えます。
修正申告書の作成は、通常の申告とは別の作業です。対象期間が複数年にわたれば、その年数分が必要になります。
資料の整理、当日の対応、追加依頼への対応。従業員数名の会社でも、延べで数日分の業務時間が消えます。金額に出ない負担ですが、実際にはここがいちばん重いという声もよくいただきます。
起きないこと
結論： 通常の任意調査では、その場で財産が差し押さえられることも、事業の停止を命じられることもありません。
差押えはその場では行われず、逮捕されることもない
差押えは、税金を滞納し、督促を経てから行われる別の手続です。調査の当日に持ち物を押さえられることはありません。
その場で財産が押さえられることも、身柄が拘束されることもありません。想像されているような場面は、通常の調査では起きません。
刑事事件として扱われるのは、国税局査察部が担当する強制調査の領域です。一般の任意調査とは手続が別です。
許認可が取り消されることもなく、会社をたたむ必要もない
建設業や飲食業などの許認可が、税務調査の結果によって直ちに取り消されることはありません。税務と許認可は別の制度です。ただし、更新の際に納税証明書の提出を求められる場合があるため、滞納を残さないことは実務上の前提になります。
負担が重くなるのは、長期間の無申告や仮装隠蔽が重なった場合です。通常の指摘であれば、納税と運用の見直しで収まります。
よくある相談事例｜起きたことと起きなかったこと
交際費の一部を否認された卸売業／役員賞与と認定された建設業
私的な支出が混じっていた分を否認され、法人税と消費税の両方で追加が生じました。修正申告に応じ、翌期からは支出の目的を月次で確認する運用に変えています。取引先への確認は行われませんでした。
社長の自宅で使う設備の購入費が、会社の経費として計上されていました。役員賞与と認定され、損金不算入に加えて源泉所得税が生じています。金額そのものより、税目が3つに分かれたことに驚かれました。
是認で終わった飲食業／無申告が続いていた個人事業者
現金商売で、通知の時点では強く不安を持たれていた会社です。日々の売上記録とレジデータ、仕入の請求書がそろっており、指摘なしの書面通知で終わりました。
指摘があった場合と、なかった場合。どちらも実際にある結末です。
数年分の期限後申告を行い、無申告加算税と延滞税が生じました。事業は継続しています。取引先に知られることもありませんでした。
よくある質問
調査が入ると、必ず追徴されますか？
会社の口座を止められることはありますか？
取引先に知られてしまいますか？
銀行に報告しないといけませんか？
青色申告が取り消されることはありますか？
調査のあと、すぐにまた来ることはありますか？
まとめ：起きることは3つ、起きないことのほうが多い
税務調査が入ると起きるのは、時間を取られること、指摘があれば本税・加算税・延滞税を納めること、決算内容が変われば説明が必要になることの3つです。結末は、是認・修正申告・更正の3通りしかありません。
一つの指摘が、法人税・消費税・源泉所得税に分かれて出る点は、金額の見通しを立てるうえで押さえておく必要があります。指摘された所得の金額だけを見て安心しないことです。
重加算税や青色申告の取消しは、仮装隠蔽や長期の無申告といった事実があるときのものです。計算誤りや解釈の相違では起きません。差押えや逮捕も、任意調査の場面では起きません。
不安を減らす方法は、想像で埋めないことに尽きます。何が起きて、何が起きないのかを分けたうえで、起きることにだけ備えれば足ります。
調査の連絡を受けて見通しが立たない方は、税理士法人Light UPの無料相談をご利用ください。通知の内容から、想定される論点と負担の範囲を整理してお伝えします。
出典
- 国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（令和7年12月）
- 国税庁「延滞税の割合」（令和8年1月1日から令和8年12月31日までの割合）
- 財務省「加算税制度の概要」
- e-Gov法令検索「国税通則法」第74条の9・第74条の11
- e-Gov法令検索「法人税法」第127条
