税務調査は何年分さかのぼるか｜3年・5年・7年の分かれ目
監修税理士法人Light UP 代表社員（税理士） 中村 清誉
「3年分と言われましたが、それ以上は見られないんでしょうか」。「7年前の資料まで探さないといけませんか」――対象期間の話は、通知を受けた直後に必ず出ます。
さかのぼれる期間は法律で決まっています。更正や決定ができるのは、原則として法定申告期限から5年、偽りその他不正の行為があった場合は7年です。実務では3年分の通知から始まることが多いものの、3年で止まるという約束ではありません。
税理士法人Light UPでは、通知された期間だけでなく、その前後の期に同じ論点がないかを先に確認します。3年分で指摘が出れば、同じ処理をしていた過去の期にも話が及ぶためです。
この記事では、3年・5年・7年がどこで分かれるのか、税目ごとに何が違うのか、帳簿の保存期間との関係、そして古い期の資料がないときの実務までを、条文と国税庁の資料に沿って整理します。
法律で決まっている上限
結論： 更正・決定ができるのは法定申告期限から原則5年で、偽りその他不正の行為により税額を免れた場合は7年です。
原則5年の根拠、7年になる場合、欠損金に関わる更正は10年
e-Gov法令検索の国税通則法第70条第1項は、更正または決定について、法定申告期限から「五年を経過した日以後においては、することができない」と定めています。
期限を過ぎれば、税務署は税額を訂正できません。これを除斥期間といいます。
同条第5項は、「偽りその他不正の行為によりその全部若しくは一部の税額を免れ、又はその全部若しくは一部の税額の還付を受けた国税」について、7年を経過する日まで更正決定等ができるとしています。
不正の行為があったかどうかで、2年分の差が生まれます。
同条第2項は、法人税の純損失等の金額を増減させる更正について、10年を経過する日まで可能としています。繰越欠損金がある会社は、古い期の金額が動く余地が残ります。
通知が3年分から始まる理由
結論： 事前通知の対象期間は3年分とされることが多いものの、これは法律上の上限ではなく、まず確認する範囲を示したものです。
3年は目安であって上限ではない。3年で終わる場合
法律が定めているのは5年と7年です。3年という数字は条文のどこにも出てきません。まず直近3期を見て、そこで判断するという運用です。
3年で終わる場合と、5年に延びる場合があります。何が分かれ目になるかを見ておきます。
指摘がない、あるいは指摘があっても単発の誤りで、過去の期に同じ処理が見当たらない場合は、3年で終わります。実務でもっとも多い形です。
5年に延びる場合と、通知外の期間を見られる根拠
同じ誤りが継続していると分かった場合です。売上の計上基準がずっと同じなら、3年前も4年前も同じ処理をしています。論点が構造的であるほど、期間は延びます。
見る範囲が広がるとき、その根拠はどこにあるのか。
国税通則法第74条の9第4項は、通知した税目や期間以外の事項について非違が疑われた場合、その事項について質問検査等を行うことを妨げないと定めています。
7年に延びる条件
結論： 7年までさかのぼられるのは、偽りその他不正の行為があった場合に限られ、計算誤りや解釈の相違では延びません。
偽りその他不正の行為とは。単純な誤りとの違いと、重加算税との連動
二重帳簿の作成、売上伝票の破棄、請求書の改ざん、架空の外注先への支払いの計上。事実そのものを作り替える行為です。
国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」には、売上伝票を破棄して現金売上を除外した事案、偽りの請求書で外注費を仮装した事案が掲載されています。
計上時期の誤り、消費税の区分の誤り、通達の解釈の相違。これらは不正の行為に当たりません。5年の枠内で処理されます。
7年の適用と重加算税の賦課は、判断の土台が重なります。仮装隠蔽が認定されれば、期間も加算税の割合も、どちらも重いほうへ動きます。
税目ごとの違い
結論： 法人税・消費税・源泉所得税・所得税は、いずれも原則5年・不正があれば7年ですが、実務で確認される深さは税目により異なります。
税目別の整理、消費税は法人税と一緒に動く、源泉所得税は別の入口
期間の上限は、税目ごとに別々に決まっています。ただし実際の調査では、法人税と消費税がまとめて動くことがほとんどです。まず税目ごとの整理を見ておきます。
| 税目 | 原則 | 不正があった場合 | 補足 |
|---|---|---|---|
| 法人税 | 5年 | 7年 | 欠損金に関わる更正は10年 |
| 消費税 | 5年 | 7年 | 法人税の否認と連動して動く |
| 源泉所得税 | 5年 | 7年 | 役員賞与の認定で生じやすい |
| 所得税（個人） | 5年 | 7年 | 無申告なら決定の対象 |
課税仕入れが否認されれば、仕入税額控除も認められません。法人税の指摘は、そのまま消費税の指摘につながります。
会社の支出が役員個人への支出と判断されれば、役員賞与として源泉徴収漏れが生じます。法人税の調査で見つかり、源泉所得税で追加が出るという流れです。
無申告の場合
結論： 申告していない場合も、税務署が税額を確定させる決定の期間制限は原則5年で、不正があれば7年です。
期間制限は同じ、金額の面では重くなる、早く出したほうが軽い
国税通則法第70条第1項は、更正と決定を並べて規定しています。申告がなかったからといって、無制限に遡られるわけではありません。
国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」によれば、所得税の無申告者に対する実地調査は4,812件で、1件当たりの申告漏れ所得金額は2,992万円でした。実地調査全体の1,486万円のちょうど2倍です。
無申告加算税は、調査の通知を受ける前に自主的に期限後申告をした場合、5パーセントとされています。通知後・更正の予知前と、それ以降では割合が変わります。
帳簿書類の保存期間との関係
結論： 法人の帳簿書類は原則7年、青色欠損金が生じた事業年度は10年の保存が求められ、さかのぼられる期間とほぼ重なります。
法人と個人事業者の保存期間、保存していないこと自体が不利になること
国税庁のタックスアンサー「帳簿書類等の保存期間」は、法人について「その事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から7年間」保存しなければならないと説明しています。青色申告書を提出した事業年度で欠損金額が生じた事業年度は10年間です。
| 保存が必要なもの | 保存期間 |
|---|---|
| 収入金額や必要経費を記載した帳簿（法定帳簿） | 7年 |
| 上記以外の帳簿（任意帳簿） | 5年 |
| 棚卸表その他の決算関係書類 | 5年 |
| 請求書・納品書・領収書などの書類 | 5年 |
国税庁「白色申告者の記帳・帳簿等保存制度」に示されている区分です。
売上に関する帳簿の提示等を求められて応じなかった場合や、記載が著しく不十分だった場合には、加算税に10パーセントまたは5パーセントが加算されます。資料がないことは、単に説明できないだけでは済みません。
期間制限と時効は別のもの
結論： 更正・決定ができる期間の制限と、確定した税金を取り立てられる期間の制限は別の制度で、後者は法定納期限から5年です。
除斥期間と消滅時効の違い、混同すると判断を誤ること
国税通則法第70条が定めているのは、税額を確定させる処分ができる期間です。この期間を過ぎると、税務署は新たに税額を訂正できません。
一方、e-Gov法令検索の国税通則法第72条第1項は、国税の徴収権について、法定納期限から「五年間行使しないことによつて、時効により消滅する」と定めています。すでに確定した税金を取り立てる側の期間です。
5年という数字が両方に出てくるため、同じものだと受け取られがちです。確定させる期間と、取り立てる期間。順番が違うだけで、別々に走っています。
滞納している税額がある場合、督促や差押えによって時効の進行は影響を受けます。放っておけば5年で消える、という理解は成り立ちません。
期限が迫っている期の扱い
結論： 期間制限の満了が近い場合でも、条文に一定の延長規定があり、期限間際に更正が行われることがあります。
更正の請求に伴う延長、期限直前の調査、待てば消えるという発想
国税通則法第70条第3項は、更正ができなくなる日の前6か月以内にされた更正の請求に係る更正などについて、請求があった日から6か月を経過する日まで可能としています。
除斥期間が近い期については、期限内に処分を終えるため、確認が急ぎで進むことがあります。資料の提出を求められる間隔が短くなるのはこのためです。
引き延ばして期限切れを狙う、という考え方は現実的ではありません。不正があれば期間は7年に延び、加算税も重くなります。
電子データの保存が期間の前提になる
結論： 電子取引で受け取った請求書や領収書は、電子データのまま保存することが求められており、保存がないと確認できる範囲が狭まります。
紙に出すだけでは足りない場合。保存されていないと説明が難しい
メールに添付された請求書、通販サイトの領収書、クラウド上の取引明細。これらは電子取引の取引情報に当たり、電磁的記録として保存する必要があります。
紙に出すかどうかとは別に、元のデータが残っているかが問われます。
5年前のメールが残っていない、サービスを解約してダウンロードできない。この状態は、調査で支出の内容を示せないことを意味します。
仮装隠蔽があった場合の加重と、移行のたびに控えを残すこと
財務省「加算税制度の概要」によれば、スキャナ保存または電子取引に係るデータについて仮装隠蔽があった場合、重加算税に10パーセントが加算されます。
保存の状態は、加重の判断にも関わります。システムを入れ替えるたびに、過去のデータが取り出せなくなる例が多くあります。
会計ソフトやサービスを乗り換えるときが、いちばん抜けやすい場面です。移行の前に、対象期間分を出力して保管しておくことをお勧めします。
期間が延びると負担はどう増えるか
結論： さかのぼる年数が増えると、本税と加算税が期数分だけ積み上がります。延滞税には計算期間から1年超の部分を除く特例があるため年数に比例しませんが、不正の行為があった期はこの特例が外れ、古い期ほど重くなります。
本税は期数分そのまま増え、延滞税は年数に比例しない
同じ処理を5年続けていれば、否認される金額も5年分です。1期あたりの金額が小さくても、合計では読みが変わります。
国税庁「延滞税の割合」によれば、令和8年1月1日から令和8年12月31日までは、納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8パーセント、それ以降は年9.1パーセントです。
修正申告の場合の納期限は申告書を提出した日なので、提出日から2か月以内に納めれば高いほうの割合は適用されません。
もうひとつ、計算期間そのものにも特例があります。国税庁タックスアンサーNo.9205「延滞税について」によれば、期限内申告をしていた国税について法定申告期限から1年を過ぎたあとに修正申告や更正があったときは、1年を過ぎた日の翌日から修正申告書の提出日（更正なら通知書を発した日）までを延滞税の計算期間に含めません。国税通則法第61条第1項の定めです。
このため、通常の修正申告では、古い期であっても延滞税の計算期間はおおむね1年分にとどまります。さかのぼる年数が増えても、延滞税が期の古さに応じて膨らむわけではありません。
一方、偽りその他不正の行為により税額を免れていた場合は、この特例が適用されません。法定納期限の翌日から納付する日までの全期間で計算されるため、7年さかのぼる場面では古い期ほど延滞税が重くなります。
複数年分をまとめて納めるため、支払いは一時期に集中します。一括が難しい場合は、猶予の制度を納期限の前に確認することになります。
更正の請求ができる期間
結論： 納めすぎていた税額を戻してもらう更正の請求は、原則として法定申告期限から5年以内に限られます。
期間は5年。調査で修正申告をしたあとでも使える
多く納めていたことに後から気づいた場合、更正の請求という手続があります。期間は原則5年です。
期間が同じでも、使える場面は思っているより広くあります。
国税通則法第74条の11第3項は、修正申告をした場合について、「不服申立てをすることはできないが更正の請求をすることはできる旨」を説明し、書面を交付しなければならないと定めています。
気づいた時点で相談する。多く納めている誤りも意外に出る
5年を過ぎれば戻せません。古い期の誤りに気づいたら、期限が来る前に確認することになります。
早く動くほど、選べる手が残ります。
減価償却の計上漏れ、税額控除の適用漏れ、消費税の区分の取り違え。調査で指摘されるのは足りない側だけですが、こちらから見直せば多く納めている側の誤りが見つかることもあります。過去5年分をまとめて点検する意味は、そこにもあります。
税務署が持っている情報は別枠
結論： 更正・決定ができる期間には制限がありますが、税務署が保有する資料情報にその制限はなく、古い情報が次の調査の端緒になることがあります。
資料情報は蓄積され、期限切れの期の情報も使われる
法定調書、取引先の調査で押さえられた資料、公的機関からの情報。これらは、その期の更正ができるかどうかとは関係なく保管されています。
6年前の取引の資料が残っていれば、直近の期に同じ取引がないかを確認する材料になります。更正できない期であっても、調査の入口としては生きています。
前回の調査で指摘された処理が、その後どうなっているか。次の機会に必ず確認されます。指摘は、その期だけの話では終わりません。
事業をやめたあとはどうなるか
結論： 法人の解散後や個人の廃業後であっても、期間制限の範囲内であれば調査の対象になります。
清算中の法人も対象、個人の廃業後も同じ、資料の保管者を決める
解散して清算手続に入っている法人にも、過去の事業年度についての調査は行われます。清算結了の登記をすれば終わり、というものではありません。
事業をやめても、廃業前の年分について期間制限内であれば確認の対象です。廃業したから資料を処分した、という状態は不利に働きます。
法人をたたむとき、個人が事業をやめるとき。誰がどこに保管するかを決めずに解散すると、数年後に説明できなくなります。保存期間が残っている以上、保管の責任も残ります。
古い期の資料が残っていないとき
結論： 資料が欠けている場合は、再発行の依頼、取引の相手方の記録、通帳の入出金から事実を再構成する順で進めます。
順番に手を打つ。再構成できないものは正直に伝える
- 取引先に請求書・領収書の再発行を依頼する
- 通帳と会計データを突き合わせ、支払いの事実を押さえる
- 契約書や見積書など、周辺の書類で取引の内容を裏づける
手を尽くしても出てこないものはあります。
無いものを作ることはできません。無い理由と、代わりに示せる事実を整理して伝えます。取り繕おうとして辻褄の合わない説明をするほうが、はるかに不利に働きます。
電子データの取り出し方も確認しておく
会計ソフトを乗り換えている、担当者が退職している。この2つが重なると、5年前のデータが開けません。移行のたびに、出力した控えを残しておくことです。
クラウドのサービスは、解約すると過去分を取り出せなくなることがあります。解約の前に、保存期間が残っている年分を出力しておく。これは調査のためというより、事業を続けるうえでの基本の手当てです。
期間を広げないためにできること
結論： 対象期間が広がるのは、同じ処理が続いていた場合と、説明が資料で裏づけられない場合で、どちらも日常の運用で減らせます。
処理の理由を期ごとに残す。気づいたら期を跨ぐ前に直す
なぜこの計上時期にしたのか、なぜこの区分にしたのか。判断した時点で1行残しておけば、過去の期についても同じ説明ができます。説明が一貫していれば、確認は早く済みます。
同じ処理を続けている状態が、期間を広げる最大の原因です。1期で気づいて直せば、そこで止まります。「前からこうしていました」という説明は、確認の範囲を広げる方向に働きます。
論点になりそうな処理を先に洗い出し、顧問税理士と過去の期も共有する
外注費と給与の区分、家族への給与、期末近くの売上、在庫の評価。自社で説明が弱い箇所は、たいてい経営者自身が心当たりを持っています。そこから順に整えます。
自社の中で洗い出したら、外の目も入れておきます。
直近の期だけを見て処理していると、過去の期との一貫性が崩れます。前任の税理士から引き継いだ場合は、過去3期の処理方針を一度確認しておくことをお勧めします。
よくある相談事例｜期間が動いた3つの場面
3年で終わった小売業／5年に延びた建設業
期末在庫の計上漏れを1件指摘されましたが、過去の期には同じ処理が見当たりませんでした。3年分の確認で終わり、修正申告に応じています。
同じ通知から始まっても、終わり方は分かれます。何がその分かれ目になったのかを見ていきます。
工事の完成基準の考え方が数年にわたって同じでした。1期で見つかれば他の期も同じ、という判断で確認が広がり、5年分の修正となっています。
7年分を求められた飲食業／資料が半分しか残っていなかった個人事業者
現金売上の一部が記録されていない状態が続いていました。仮装隠蔽と判断され、期間も加算税の割合も重いほうへ動いています。
不正があった場合と、資料が残っていない場合。どちらも期間が延びやすい形です。
「3年前のファイルを捨ててしまいました」というご相談でした。取引先への再発行依頼と通帳の突合で、支払いの事実は概ね押さえられました。ただし内容が特定できない支出は、経費として認められていません。
よくある質問
3年分と言われたら、3年で終わりますか？
10年前のことを聞かれることはありますか？
資料を捨ててしまった場合はどうなりますか？
何年分もまとめて修正すると、延滞税はどうなりますか？
期間制限を過ぎれば、もう指摘されませんか？
まとめ：3年は入口、5年が原則、7年は不正の場合
税務調査でさかのぼれる期間は、原則5年、偽りその他不正の行為があれば7年です。法人税の欠損金に関わる更正は10年まで可能とされています。3年という数字は法律にはなく、まず確認する範囲を示したものです。
3年で終わるか5年に延びるかを分けるのは、指摘が単発か、処理そのものが継続していたかです。構造的な論点ほど、期間は延びます。
資料は、法人が原則7年、青色欠損金が生じた事業年度は10年。個人の法定帳簿は7年。さかのぼられる期間と保存期間はほぼ重なっており、保存していないこと自体が加算税の加重につながります。
古い期に不安があるなら、調査の通知を待たずに確認しておくことです。通知前の自主的な修正と、通知後では加算税の扱いが変わります。
過去の申告に不安が残る方は、税理士法人Light UPの無料相談をご利用ください。どの期のどの論点を先に確認すべきか、優先順位をつけて整理します。
出典
- e-Gov法令検索「国税通則法」第70条・第74条の9・第74条の11
- 国税庁「帳簿書類等の保存期間」（タックスアンサー・令和7年4月1日現在法令等）
- 国税庁「白色申告者の記帳・帳簿等保存制度」（タックスアンサー）
- 国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（令和7年12月）
- 国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（令和7年12月）
- 財務省「加算税制度の概要」
