補助金に税金はかかるか｜会計処理と圧縮記帳
監修税理士法人Light UP 代表社員（税理士） 中村 清誉
「採択されて安心していたら、決算で思わぬ税金が出ると言われました」「入金は来期なのに、今期の売上に入れるのですか」――補助金を受けた会社からのご相談は、この2つがほとんどです。
結論からお伝えすると、補助金は原則として課税の対象になります。法人であれば益金、個人事業主であれば事業所得の総収入金額に算入されます。非課税と定められた特別な給付金を除けば、受け取った補助金は利益に乗り、その分だけ税額が増えます。ただし固定資産の取得に充てた補助金には、課税の時期を将来へ繰り延べる仕組みがあります。法人と個人事業主では使う規定が違い、法人は圧縮記帳、個人事業主は総収入金額に算入しない方法をとります。
税理士法人Light UPでは、補助金は申請の段階から税と資金繰りをセットで見ておくべきものだと考えています。採択された後に対処法を探すより、申請前に手残りを計算しておくほうが、選べる手が多く残ります。
この記事では、いつの事業年度の収益になるのか、圧縮記帳の仕組みと限界、消費税の扱い、そして納税の時期と入金の時期のずれまで、補助金を受けた会社が実際に直面する順に整理します。
補助金は原則として課税される
結論： 補助金は法人税法上の益金、所得税法上の総収入金額に算入されます。返済不要の資金であっても課税の対象から外れるわけではなく、非課税とされるのは法令で明示された一部の給付金に限られます。
返さなくていいお金なのに税金がかかるのですか、というご質問をよくいただきます。税務上は、返済義務のない収入は利益と同じ扱いになるためです。
借入金であれば負債が増えるだけで利益は動きません。補助金は負債にならないため、そのまま利益を押し上げます。この違いが、補助金に税金がかかる理由のすべてです。
法人と個人で入る場所が違う。助成金・給付金も同じ扱い
法人が受け取った補助金は、雑収入などの科目で益金に算入します。営業外収益に計上されるため、営業利益には影響しませんが、経常利益から下は動きます。
個人事業主の場合は、事業に関連して受けた補助金は事業所得の総収入金額に算入します。事業と関係のない給付金は一時所得になる場合もあり、扱いが分かれます。
雇用調整助成金やキャリアアップ助成金といった雇用系の助成金も、税務上は同じです。人件費という費用を補填するものですが、費用が減るのではなく収入が増える形で処理します。
補助金の名称に関係なく、返還を要しない交付金は課税対象になると考えておくのが基本です。
非課税になるものは限られる
法令で非課税と明示されているものに限り、課税されません。過去の特別定額給付金のように、個別の法律で非課税と定められた例があります。
制度ごとに公募要領へ税務上の扱いが書かれていることが多いため、申請前に確認しておくと後の見通しが立ちます。
法令で非課税と定められているものだけです。名称に給付金と付いていても、原則は課税されます。
いつの事業年度の収益になるか
結論： 補助金の収益計上時期は、原則として交付が決定された日、つまり収入すべき権利が確定した日の属する事業年度です。入金の日ではないため、決算をまたぐ場合は未収入金として計上します。
ここを取り違えると、決算の着地が数百万円単位でずれます。実務で最も相談が多い論点です。
入金日ではなく確定日で見る
補助金は、交付決定から実績報告、額の確定、入金という順序で進みます。税務上の収益計上は、原則として金額が確定した時点です。
3月決算の会社が2月に確定通知を受け、入金が5月だった場合。収益は3月期に計上し、貸借対照表には未収入金が立ちます。現金が入っていない収益に対して税金を払うという状態が、ここで生まれます。
経費を補填する助成金の特例的な取扱い
国税庁の法人税基本通達2-1-42は、経費を補填するために法令の規定等に基づいて交付される助成金等について、あらかじめ交付を受けるための手続をしている場合には、その経費が発生した事業年度に収益を計上する取扱いを示しています。
経費の計上と補填の収益を対応させる考え方です。雇用調整助成金のように、費用が先に出て決定が後になる制度で使われます。
決算をまたぐときの実務
決算日の直前に確定通知が届くケースでは、通知書の日付が重要になります。届いた日ではなく、通知書に記載された確定の日で判断します。
- 交付決定通知：金額と対象が示された段階です。原則としてここで権利が確定します
- 実績報告と額の確定：精算により金額が減ることがあります。減額があれば修正します
- 入金は資金の動きだけで、収益計上の時期には関係しません
交付決定だけで計上してよいか迷う場合
事業を実施しなければ返還となる補助金では、交付決定の段階では金額が確定していないと判断されることもあります。制度の内容によって結論が変わる部分です。
判断に迷う場合は、通知書の文言と公募要領を持って顧問税理士に確認してください。決算の着地が変わるため、期末に慌てて判断するのは避けたいところです。
支給の要件を満たしているかどうかで判断します。
税金の分だけ手元に残らない
結論： 補助金を受け取ると、その金額に対して法人税等が課されるため、手元に残るのは税引後の金額です。補助率と自己負担、税負担を合わせて計算しないと、資金計画が狂います。
補助金1,000万円が入るから設備を買える、という計算は、どこかで足りなくなります。実際にどう動くのかを数字で見てみます。
| 項目 | 金額の例 |
|---|---|
| 補助対象経費 | 1,500万円 |
| 補助金（補助率3分の2） | 1,000万円 |
| 自己負担（先に全額支払う） | 1,500万円 |
| 補助金による益金 | 1,000万円 |
| 圧縮記帳をしない場合の税負担（実効税率30%と仮定） | 約300万円 |
※税率は説明のための仮定です。実際の税額は会社の状況によって変わります。
先に全額を支払う
補助金は原則として後払いです。対象となる経費をいったん全額支払い、実績を報告してから交付されます。1,500万円の設備であれば、先に1,500万円を用意する必要があります。
この立替が資金繰りを圧迫します。補助金は資金調達の手段ではなく、支出の一部を後から取り戻す仕組みだと考えたほうが実態に合います。
税負担が乗る時期と、補助率と自己負担の関係
補助金が益金になるのは確定した事業年度です。その事業年度の法人税等の申告・納付は、原則として事業年度終了の日の翌日から2か月以内。入金より先に納税期限が来ることもあります。
補助率3分の2であれば、3分の1は自己負担です。加えて税負担も生じるため、実質的な負担は自己負担分だけでは済みません。
申請の段階で、この総額を計算しておく。それだけで、採択後の資金計画がぶれにくくなります。
圧縮記帳という繰延べの仕組み
結論： 圧縮記帳は、補助金で取得した固定資産の帳簿価額を補助金相当額だけ減らし、同額を損金に算入する制度です。補助金を受けた事業年度の課税を避け、その後の減価償却を通じて課税を先送りします。
e-Govの法令検索で法人税法42条を引くと、見出しは「国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入」とされています。名前のとおり、資産の価額を圧縮する処理です。
適用できる要件
圧縮記帳を使うには、いくつかの条件があります。
- 国や地方公共団体などから交付された国庫補助金等であること
- その補助金で固定資産を取得または改良したこと
- 返還を要しないことが確定していること。返還の可能性が残っている段階では使えません
- 確定申告書に明細書を添付するなど、所定の手続きをとること
補助金を受けた事業年度の末日までに返還不要が確定していない場合は、次に述べる特別勘定を使う方法があります。
直接減額方式
取得した資産の帳簿価額を直接減らす方法です。1,500万円の機械に対して1,000万円の補助金を受けた場合、帳簿価額を500万円に圧縮し、圧縮損1,000万円を損金に算入します。
処理が分かりやすい反面、貸借対照表に資産の実際の取得価額が残りません。金融機関に提出する決算書では、資産が小さく見えることになります。
積立金方式
資産の帳簿価額はそのままにして、剰余金の処分により圧縮積立金を積み立て、申告書上で損金に算入する方法です。
決算書の上では資産も利益も本来の姿で表示され、税務上だけ調整されます。融資を受けている会社では、この方式のほうが説明しやすい場面が多くあります。ただし申告書の別表での調整が毎期続くため、手間はかかります。
どちらを選ぶか
税額としては同じ結果になります。違いは決算書の見え方と、実務の手間です。
金融機関との関係を重視するなら積立金方式、処理の簡便さを重視するなら直接減額方式。私たちは、借入のある会社には積立金方式をお勧めすることが多いところです。
決算書の見え方を保ちたいなら積立金方式、処理を簡単にしたいなら直接減額方式という整理です。
圧縮記帳は免税ではない
結論： 圧縮記帳を使っても、支払う税金の総額は変わりません。帳簿価額が下がることで各年度の減価償却費が減り、その分だけ後の年度の利益が増えるためです。効果は課税の繰延べにとどまります。
ここは誤解が生まれやすいところです。補助金の税金が消えると説明されて導入したものの、翌年以降に利益が増えて驚かれるケースがあります。
減価償却費が減る。総額は変わらないという事実
1,500万円の機械を1,000万円圧縮すると、償却の元になる金額は500万円です。耐用年数10年なら、毎年の減価償却費は150万円ではなく50万円になります。
つまり毎年100万円ずつ、利益が本来より多く出ます。10年かけて、圧縮した1,000万円が利益に戻ってくる形です。
課税の繰延べであって、免税ではありません。ここを踏まえたうえで使うかどうかを決めます。
それでも使う理由
総額が変わらないのに使うのは、資金繰りのためです。補助金は後払いで、税金は先に来ます。この時期のずれを埋めるうえで、初年度の納税を避けられることには意味があります。
赤字が続いていて、そもそも課税所得が出ない会社では、圧縮記帳を使わないほうがよい場合もあります。繰越欠損金があるなら、そちらを先に使うほうが有利になることがある。判断は会社の状況次第です。
圧縮記帳が使えない補助金
結論： 圧縮記帳の対象になるのは、固定資産の取得や改良に充てた補助金です。人件費・広告費・旅費といった経費を補填する補助金や、雇用系の助成金には使えません。
経費補填型は対象外
小規模事業者持続化補助金で広告制作費に充てた場合、雇用調整助成金を受けた場合。これらは費用の補填であって固定資産の取得ではないため、圧縮記帳の対象になりません。
対応する費用が同じ事業年度に計上されていれば、結果として利益への影響は小さくなります。問題になるのは、費用と補助金の計上時期がずれる場合です。
返還の可能性が残っている場合と、個人事業主の場合
事業の実施状況によって返還が生じ得る段階では、返還不要が確定していないため圧縮記帳は使えません。額の確定通知を受けた時点が目安になります。
個人事業主にも同様の制度があります。所得税法42条に、国庫補助金等の総収入金額不算入の定めが置かれています。
法人と同じく、返還を要しないことが確定していることが要件です。確定申告書への明細書の添付も求められます。
年度末までに資産を取得できないとき
結論： 補助金を受けた事業年度の末日までに固定資産を取得していない場合、特別勘定を設けて損金に算入し、翌事業年度以降に資産を取得したときに圧縮記帳へ切り替える方法があります。
e-Govの法令検索で法人税法43条を引くと、見出しは「国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入」とされています。年度をまたぐ設備投資を想定した規定です。
交付が先、取得が後になるケース。期限があることに注意
補助金の交付決定を受けたものの、設備の納期が翌期になる。建物の建築が期をまたぐ。実務ではよくあることです。
この場合、補助金だけが益金になり、対応する資産がまだない状態になります。特別勘定は、その期ずれを埋めるための仕組みです。
特別勘定を設けた場合でも、定められた期間内に資産を取得しなければ、その時点で益金に戻ります。交付の翌事業年度末までが原則です。
設備の納期が読めない案件では、この期限を工程表に書き込んでおくことをお勧めします。
消費税は課税されない
結論： 補助金は対価性のない収入であるため、消費税の課税対象外（不課税）です。ただし補助対象経費に含まれる消費税分について、仕入税額控除との調整を求められる制度があります。
なぜ不課税なのかと、補助対象経費から消費税を除く制度
消費税は、資産の譲渡や役務の提供の対価に課される税です。補助金は何かを売った対価ではないため、課税の対象になりません。
売上高に含めず、消費税の申告でも課税売上に入れない。この点は法人税の扱いと逆になるため、混同しやすいところです。
多くの補助金では、補助の対象となる経費から消費税相当額を除いて計算します。事業者は仕入税額控除によって消費税分を取り戻せるため、そこにまで補助を出すと二重の給付になるからです。
仕入控除税額の報告と返還
補助対象経費の消費税分について仕入税額控除を受けた場合、その額を報告し、補助金の一部を返還するよう定めている制度があります。公募要領に消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額という項目があれば、この扱いに該当します。
免税事業者や簡易課税を選択している場合は扱いが変わります。自社の消費税の課税方式によって手続きが変わるため、申請の段階で確認しておくと後の作業が減ります。
決算・申告での実務
結論： 補助金の処理では、収益計上の時期、圧縮記帳の方式、申告書への明細書の添付という3点が確認されます。手続きの不備で圧縮記帳が使えなくなることもあるため、決算前の確認が欠かせません。
申告書に添付する書類と、税務調査で見られる点
圧縮記帳を適用するには、確定申告書に圧縮額の計算に関する明細書を添付する必要があります。処理をしていても添付を忘れると、適用が認められない可能性があります。
補助金に関して確認されやすいのは、収益計上の時期、圧縮記帳の要件を満たしているか、対象資産と補助金の対応関係の3つです。
交付決定通知書、確定通知書、実績報告書、資産の請求書。これらを一式で保管しておくと、説明が早く済みます。
決算前に確認しておくことと、後から返還が生じた場合
期末が近づいたら、その期に確定した補助金の一覧を作ります。金額、確定日、対象、圧縮記帳の可否。この4項目が揃っていれば、決算の着地が読めます。
実績報告の内容が認められず補助金の一部を返還する、あるいは補助事業で取得した設備を処分して収益納付が生じる。こうした事態は実際に起こります。
返還が確定した事業年度に、返還額を損失として処理するのが基本です。すでに圧縮記帳を適用していた場合は、圧縮額の見直しが必要になることもあります。
設備の処分制限期間中に売却・廃棄・目的外使用をすると、補助金の返還を求められる制度が多くあります。処分制限期間は補助金ごとに定められているため、資産台帳に期間を書き添えておくと、後任の担当者が判断を誤りません。
よくある相談事例
製造業｜入金前に納税期限が来た／小売業｜広告費の補助金で圧縮記帳
補助金1,200万円の確定通知が3月に届き、入金が6月という会社です。3月期の決算では益金に算入され、5月末の納税期限までに税額を納めることになりました。
圧縮記帳を適用できる案件でしたので、初年度の納税は回避できました。ただし翌年以降は減価償却費が減るため、5年間の税額を試算して資金計画に織り込んでいます。
販促用のチラシとウェブ広告に充てた補助金について、圧縮記帳の相談を受けました。固定資産の取得ではないため、この制度は使えません。
ただし補助金の確定と広告費の計上が同じ期でしたので、結果として利益への影響は限定的でした。時期がずれていたら、対応が必要だった案件です。
建設業｜設備の納期が翌期にずれた／飲食業｜赤字だったため使わなかった
交付決定は受けたものの、機械の納入が翌期になったケースです。補助金だけが先に確定する状態でしたので、特別勘定を設けて対応しました。
翌期の取得時に圧縮記帳へ切り替えています。期限のある処理ですので、納期を工程表で管理する運用に変えました。
繰越欠損金のある会社で、補助金を受けた期も課税所得が出ない見込みでした。圧縮記帳を使うと将来の減価償却費が減るだけで、当期の効果はありません。
そこで圧縮記帳は適用せず、欠損金を先に充てる判断をしています。制度が使えることと、使うべきことは別だという例です。
よくある質問
補助金には必ず税金がかかりますか？
入金がまだなのに税金を払うのですか？
圧縮記帳を使えば税金は減りますか？
消費税はかかりますか？
補助金の会計処理は自社でできますか？
まとめ：申請前に、手元に残る金額を計算しておく
- 補助金は原則として課税されます。法人は益金、個人事業主は総収入金額に算入します
- 収益計上は入金日ではなく金額が確定した日です。決算をまたぐ場合は未収入金が立ちます
- 固定資産の取得に充てた補助金は、圧縮記帳で課税を将来へ繰り延べられます
- 圧縮記帳は免税ではありません。減価償却費が減るため、税額の総額は変わりません
- 経費を補填する補助金や雇用系の助成金には圧縮記帳を使えません
- 消費税は不課税ですが、仕入控除税額の報告と返還を求める制度があります
やらないほうがよいのは、採択されてから税務の相談を始めることです。申請の段階で、補助率・自己負担・税負担を並べて手残りを計算しておけば、そもそも申請すべきかどうかの判断まで変わります。
補助金の会計処理や圧縮記帳の適用について、税理士法人Light UPの無料相談でご一緒に整理します。
