インボイスの経過措置スケジュール｜控除割合の推移
hamada「免税事業者から仕入れると、消費税はもう一切引けないのか」。「80パーセント引けると聞いていたが、いつまでなのか」――経過措置についてのご相談は、この2つに集約されます。
答えは、引けます。ただし割合は下がっていきます。しかも令和8年度税制改正でスケジュールそのものが見直され、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から、控除できる割合は7割、5割、3割と段階的に下がる形になりました。
もう一つ、見落とされやすい改正があります。経過措置を使える金額に上限が設けられており、その基準が10億円から1億円へ引き下げられました。これまで対象外だった規模の会社も、影響を受けます。
税理士法人Light UPでは、免税事業者との取引が多い会社に、この切り替えの時期を先に伝えるようにしています。経理の処理が変わるだけでなく、取引条件の見直しが必要になる場面もあるためです。
この記事では、改正後のスケジュール、負担額の計算、適用の要件、1億円の限度額、そして取引先とどう向き合うかを整理します。
経過措置の位置づけ
結論： 経過措置とは、インボイス発行事業者以外からの課税仕入れについて、一定期間・一定割合の仕入税額控除を認める仕組みです。制度の急な変化を和らげるために設けられています。
原則は控除できない仕組み
適格請求書等保存方式では、インボイスの保存がなければ仕入税額控除を受けられません。免税事業者はインボイスを発行できませんので、原則どおりなら、その仕入れに係る消費税は全額が買い手の負担になります。
原則を厳格に当てはめれば、免税事業者との取引を続けているだけで買い手の税負担が重くなる計算です。経過措置は、この原則をそのまま適用しないための仕組みとして置かれています。
段階的に移行する、免税事業者側の話ではない
この原則をいきなり適用すると、免税事業者と取引している会社の負担が急に増えます。そこで、割合を下げながら時間をかけて移行する設計になっています。
経過措置は、買い手の側の制度です。免税事業者が何かを申請するものではありません。ただし、買い手の負担が変わることで、取引条件の交渉につながる点で、売り手にも影響します。
令和8年度改正で変わった3点
結論： 令和8年度税制改正により、適用期限が2年延長され、控除割合が7割・5割・3割の3段階になり、控除できる金額の上限が1億円に引き下げられました。
7・5・3割控除への変更と、適用期限の2年延長
改正前は、80パーセントの期間の後に50パーセントの期間が続き、その後は控除できない設計でした。改正後は、80パーセントの後が70パーセント、50パーセント、30パーセントと刻まれます。
割合の下がり方が緩やかになった一方、対象となる期間そのものは延びています。
期限が2年延長され、令和13年9月30日までとなりました。令和13年10月1日以後の課税仕入れについては、経過措置の適用がありません。
控除限度額が1億円に
一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）が、その年または事業年度で1億円を超える場合、その超えた部分について経過措置は適用できません。改正前は10億円でした。
同じ相手から年間1億円を超えて仕入れている場合、超過部分は控除できないということです。基準が10分の1になったため、対象となる会社の範囲が広がりました。
適用開始の時期
これらの改正は、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。
令和8年10月1日以後に行う課税仕入れから、新しい割合が適用されます。それより前の仕入れは、これまでの割合のままです。切り替わりの日をまたぐ取引では、いつの仕入れかで割合が変わることになります。会計ソフトの設定も、同じ日で切り替える必要があります。
控除割合の推移
結論： 令和8年10月1日から70パーセント、令和10年10月1日から50パーセント、令和12年10月1日から30パーセント、令和13年10月1日以降は控除できません。
| 期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 令和5年10月1日〜令和8年9月30日 | 80パーセント |
| 令和8年10月1日〜令和10年9月30日 | 70パーセント |
| 令和10年10月1日〜令和12年9月30日 | 50パーセント |
| 令和12年10月1日〜令和13年9月30日 | 30パーセント |
| 令和13年10月1日以降 | なし |
令和8年10月を起点に、2年ごとに割合が下がります。最後の30パーセントの期間だけが1年です。
下がる時期は決まっていますが、自社の期にどう当たるかは別です。
割合が変わるのは日付です。事業年度の途中で切り替わる会社では、同じ期の中に2つの割合が混在します。決算をまたぐ処理では、取引の日付が判定の基準になります。
負担がいくら増えるか
結論： 免税事業者への年間の支払額に、控除できなくなる割合を掛ければ、増える負担額が分かります。対応を考えるのは、この金額を出してからです。
1件で見ると、年間で見ると
税込110万円の支払いであれば、消費税相当額は10万円です。控除できる金額は、80パーセントの期間で8万円、70パーセントで7万円、50パーセントで5万円、30パーセントで3万円になります。
同じ取引でも、令和13年10月以降は10万円全額が負担になります。
免税事業者への支払いが年間1,100万円であれば、消費税相当額は100万円です。控除できない部分は、80パーセントの期間で20万円、70パーセントで30万円。10万円の差が生じます。
さらに時間が経てば、50万円、70万円と増えていきます。
取引先別に把握する
どの取引先が免税事業者かを一覧にし、それぞれの年間支払額を並べると、影響の大きい相手が浮かびます。対応はその順に検討することになります。
| 年間の支払額（税込） | 80パーセントの期間 | 70パーセント | 50パーセント | 30パーセント |
|---|---|---|---|---|
| 550万円 | 10万円 | 15万円 | 25万円 | 35万円 |
| 1,100万円 | 20万円 | 30万円 | 50万円 | 70万円 |
| 3,300万円 | 60万円 | 90万円 | 150万円 | 210万円 |
表の金額は、控除できずに負担することになる消費税相当額です。取引の規模が大きいほど、切り替えのたびに増える金額も大きくなります。
登録のない相手ごとに、年間の取引額を出しておきます。
適用を受けるための要件
結論： 経過措置は自動的に適用されるものではありません。請求書等の保存と、帳簿への記載が必要です。
請求書等の保存と、帳簿への記載
区分記載請求書等と同様の記載事項を満たした請求書や領収書を保存します。インボイスではありませんので、登録番号の記載はありません。
帳簿に、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載します。80パーセント控除対象、といった記載が一般的です。
この記載がなければ、経過措置の適用を受けられません。会計ソフトでは税区分を選ぶことで自動的に記録される場合が多いものの、設定が合っているかどうかは別に見ておく必要があります。
会計ソフトの設定
割合が変わる時期に、税区分の設定を切り替える必要があります。令和8年10月の切り替えでは、80パーセント用と70パーセント用の区分を使い分けることになります。
ソフトの更新で自動的に対応する場合もありますが、取引の日付で判定される点は変わりません。
経過措置の割合を選ぶ欄があります。年度が変わる時期に確認します。
控除できない部分の経理処理
結論： 控除できなかった消費税相当額は、その課税仕入れの対価の額に含めて処理します。資産を取得した場合は取得価額に算入されます。
費用の場合と、資産を取得した場合
免税事業者への外注費が税込110万円で、控除できるのが7万円だとします。控除できない3万円は、外注費に含めて計上します。費用が103万円になる、という処理です。
消費税として別に管理するのではなく、本体の費用に溶け込む形になります。
減価償却資産を取得したときは、控除できない部分を取得価額に含めます。取得価額が上がりますので、少額減価償却資産の判定にも影響します。
税抜では基準を下回っていても、控除できない消費税を加えると超えてしまう場合があります。判定の際に見落とされやすい点です。
割合が下がるほど影響が出る
控除できない部分は、割合が下がるほど大きくなります。同じ設備を買っても、令和8年と令和12年では取得価額が変わるということです。
大きな買い物を免税事業者から行う予定があるなら、時期による違いを確認しておく価値があります。
控除できない部分がそのまま費用や取得価額に乗るためです。取引額が大きい相手ほど、差が積み上がります。
売り手から見た影響
結論： 免税事業者の側から見ると、買い手の負担が段階的に増えるため、価格交渉や取引の見直しを持ちかけられる可能性が高まります。
交渉が来る時期と、自分の側でも計算しておくこと
割合が下がる時期の前後に、相談が来やすくなります。令和8年10月、令和10年10月、令和12年10月。この3つの時期が節目です。
買い手の負担がいくら増えるのかは、自分でも計算しておくと交渉の見通しが立ちます。年間の取引額が税込550万円であれば、消費税相当額は50万円。控除できない部分は、80パーセントの期間で10万円、70パーセントで15万円です。
この5万円をどう分担するか、という話になります。金額が分かっていれば、根拠のある協議ができます。
登録を検討する場合と、応じる義務はないこと
買い手の負担が大きく、取引の継続に影響しそうなら、登録を検討することになります。ただし登録すれば納税義務が生じますので、自分の納税額と比べたうえでの判断になります。
登録するかどうかは、相手の求めに従うだけの話ではありません。
一方的に価格を引き下げられることは、独占禁止法上の問題になり得ます。協議に応じることと、通知を受け入れることは違います。
1億円の限度額
結論： 同じ相手からの課税仕入れが年間または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分は経過措置の対象外です。
判定は相手ごと、税込で行う
会社全体の仕入総額ではなく、一の事業者ごとに判定します。免税事業者A社から1億2,000万円、B社から3,000万円であれば、A社の超過分2,000万円について経過措置が使えません。
判定の基準は税込金額です。税抜で1億円以内でも、税込で超えていれば対象になります。合計額を出すときは、消費税相当額を含めた金額で集計しておく必要があります。
大口の外注先がある場合は要注意
建設業や運送業のように、特定の外注先へ支払いが集中する業種では、この限度額に該当する可能性があります。年間の支払額が1億円に近い相手がいるなら、登録の有無を早めに把握しておきたいところです。
複数の免税事業者と取引している場合でも、判定は相手ごとです。1社ごとの年間支払額を一覧にしておくと、どの相手が限度額に近いかを早く把握できます。
個人事業者向けの3割特例
結論： 令和8年度改正では、個人事業者を対象に、納付税額を売上税額の3割とする特例も創設されました。対象は令和9年分と令和10年分です。
インボイス発行事業者の登録を受けたことにより免税事業者から課税事業者となった個人事業者について、令和9年分と令和10年分の消費税の確定申告において、納付税額を売上税額の3割とすることができます。
2割特例が令和8年9月30日を含む課税期間で終わった後の受け皿にあたります。ただし、対象は個人事業者に限られ、法人は含まれません。
取引先とどう向き合うか
結論： 免税事業者の取引先については、登録の意向を確認し、負担の増加分をどう扱うかを協議します。一方的な通知は問題になります。
登録状況を確認する。意向を聞く
まず、どの取引先が登録しているかを把握します。請求書の登録番号の有無で分かりますし、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトでも確認できます。
登録の有無が分かったら、次は相手の考えです。今後どうするつもりかを聞いておくと、こちらの準備も決まります。
免税事業者のままでいる予定か、登録を検討しているか。相手の方針が分かれば、こちらの対応も決まります。
交渉は正当、一方的は問題
負担が増える分について価格の協議を行うこと自体は、問題ありません。財務省、公正取引委員会、経済産業省、中小企業庁などが公表しているQ&Aでは、再交渉において双方納得のうえで価格を設定すれば、結果的に引き下げられたとしても独占禁止法上問題となるものではないとされています。
一方で、優越した地位にある買い手が一方的に著しく低い価格を設定し、不当に不利益を与える場合には、独占禁止法上問題となるおそれがあるとされています。通知ではなく協議として進めるのが原則です。
取引を切る前に考える
免税事業者だからという理由だけで取引をやめると、代替先を探すコストが発生します。技術や納期で代えがきかない相手であれば、負担の増加分は取引を維持する費用と見ることもできます。
登録のない相手でも、価格や品質で選んでいる理由があるはずです。控除できない分と、切り替えにかかる手間を並べて判断することです。一方的に切ると、別の問題が生じることもあります。
準備の進め方
結論： 取引先の区分、影響額の試算、経理の設定変更、取引先との協議という順で進めます。切り替えの日までに終える必要があります。
- 取引先を区分する。 登録済みと未登録に分け、未登録の相手ごとに年間の支払額を出します。
- 影響額を試算する。 割合が下がるたびに、いくら負担が増えるかを計算します。1億円の限度額に該当する相手がいないかも確認します。
- 経理の設定を変える。 会計ソフトの税区分を、切り替えの日に合わせて準備します。日付で判定される点は、担当者にも伝えておきます。
- 取引先と協議する。 影響の大きい相手から順に、今後の方針を話し合います。
- 次の切り替えを予定に入れる。 2年ごとに同じ作業が必要です。カレンダーに入れておくと、慌てずに済みます。
相談事例｜経過措置をめぐる4つの場面
結論： 相談の現場で多いのは、割合の変更を知らないまま、従来の設定で処理を続けているケースです。
帳簿の記載が漏れていた小売業の方。 免税事業者からの仕入れについて、経過措置の適用を受ける旨の記載がありませんでした。会計ソフトの税区分を確認したところ、通常の課税仕入れとして処理されていました。設定を修正しています。
大口の外注先が免税事業者だった建設業の方。 年間の支払額が1億円を超えており、改正後は超過部分が控除できない状態でした。外注先と登録について協議を始めています。
「一律で消費税分を引くと通知した」――卸売業の方からのご相談です。免税事業者の取引先すべてに同じ文面を送っていました。協議の形に切り替え、影響額を示したうえで話し合う進め方に改めています。
切り替えの日を誤解していた製造業の方。 事業年度の開始日から新しい割合になると考えていましたが、判定は取引の日付です。決算をまたぐ期間の処理を修正しました。
よくある質問
経過措置は自動的に適用されますか？
控除割合はいつ、どのように変わりますか？
1億円の限度額はどう判定しますか？
免税事業者との取引はやめたほうがよいですか？
個人事業者向けの3割特例とは何ですか？
割合が変わる時期に何を準備すればよいですか？
まとめ：2年ごとに下がる。次の切り替えを予定に入れる
経過措置は、令和8年度税制改正で7・5・3割控除に見直されました。令和8年10月1日から70パーセント、令和10年10月1日から50パーセント、令和12年10月1日から30パーセント。令和13年10月1日以降は控除できません。適用期限は2年延長されています。
あわせて、控除の限度額が10億円から1億円へ引き下げられました。同じ相手への年間の支払いが1億円を超える場合、超過部分は対象外です。大口の外注先がある会社は、この点を先に確認してください。
やるべきことは3つです。免税事業者の取引先ごとに年間の支払額を出すこと。会計ソフトの税区分を切り替えの日に合わせること。そして、影響の大きい取引先と協議すること。
協議は正当な行為ですが、一方的な通知は独占禁止法上の問題になり得ます。増える負担の実額を計算し、その数字を持って話し合ってください。
最後に一つ。この作業は2年ごとに必要です。今回だけの対応と考えず、次の切り替えの時期を予定に入れておくことをお勧めします。
出典
- 国税庁「令和8年度税制改正特集」（インボイス制度に係る経過措置の見直し）
- 国税庁「令和8年4月 消費税法等の一部改正のあらまし」
- 国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」（免税事業者等からの仕入れに係る経過措置）
- 財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁ほか「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」
【メタディスクリプション】
インボイスの経過措置スケジュールを令和8年度改正後の内容で整理しました。7・5・3割控除への見直し、2年の期限延長、控除限度額の1億円への引下げ、適用要件と帳簿の記載、取引先との協議の進め方まで解説します。
