事業承継・M&A補助金｜4つの枠と対象になる費用
監修税理士法人Light UP 代表社員（税理士） 中村 清誉
「息子に継がせる準備を始めたが、設備が古くて渡すに渡せない」。「買い手が見つかりそうだけれど、仲介手数料が思ったより重い」――承継の相談は、たいていお金の話にたどり着きます。
事業承継・M&A補助金は、事業承継に際しての設備投資や、M&Aと統合作業の専門家費用を支える制度です。枠は事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠の4つに分かれ、事業承継促進枠の補助上限は800万円から1,000万円とされています。
税理士法人Light UPでは、この補助金の相談を受けたとき、承継の時期を先に固めてから枠を選んでいます。5年以内の承継予定という要件がある枠があり、いつ渡すのかが決まっていないと申請の形にならないからです。
この記事では、4つの枠と補助上限、名称が変わった経緯、それぞれの枠が使える場面、対象になる費用、そして専門家費用の税務上の扱いまでを、中小企業庁と中小企業基盤整備機構の資料に沿って整理します。
4つの枠と補助上限
結論： 事業承継・M&A補助金は事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠の4つで構成され、自社が承継の入口にいるのか出口にいるのかで選ぶ枠が変わります。
中小企業基盤整備機構は、各枠の要件と補助上限を次のように整理しています。
| 枠 | 要件 | 補助上限 | 補助率 |
|---|---|---|---|
| 事業承継促進枠 | 5年以内に親族内承継又は従業員承継を予定している者 | 800〜1,000万円（一定の賃上げで1,000万円に引上げ） | 1/2・2/3（小規模事業者は2/3） |
| 専門家活用枠 | 補助事業期間に経営資源を譲り渡す、又は譲り受ける者 | 買い手支援類型600〜800万円（100億企業要件で2,000万円）、売り手支援類型600〜800万円、小規模売り手支援類型450万円 | 買い手1/3・1/2・2/3、売り手1/2・2/3、小規模売り手2/3 |
| PMI推進枠 | M&Aに伴い経営資源を譲り受ける予定の中小企業等でPMIの取組を行う者 | PMI専門家活用類型150万円、事業統合投資類型800〜1,000万円 | PMI専門家活用類型1/2、事業統合投資類型1/2・2/3 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 事業承継やM&Aの検討・実施等に伴って廃業等を行う者 | 150万円（他の枠と併用申請する場合はそれぞれの補助上限に加算） | 1/2・2/3 |
（出典：中小企業基盤整備機構「事業承継・M&A補助金のご案内」）
承継する側とされる側で分かれる
事業承継促進枠は、これから親族や従業員に渡す会社が使う枠です。専門家活用枠は、社外の相手に譲る、あるいは譲り受ける場面で使います。
自社がどちらの道を選ぶかが決まっていないと、枠も決まりません。相談の現場では、後継者が社内にいるのかどうかがはっきりしないまま話が進んでいることがあり、そこから整理し直すことが少なくありません。
併用できる枠がある
廃業・再チャレンジ枠は、他の枠との併用が想定されています。中小企業基盤整備機構は、この枠の補助上限について、事業承継促進枠、専門家活用枠、事業統合投資類型と併用申請する場合はそれぞれの補助上限に加算されると記しています。
一部の事業を譲り、残りをたたむという形は珍しくありません。そのとき、譲る部分と閉じる部分を別々の枠で支えられるという設計です。
変更の可能性がある前提
中小企業基盤整備機構は、対象となる要件や補助上限、補助率、対象経費等はいずれも変更となる可能性があるため、詳細は公募要領を確認するよう注記しています。
この補助金は公募回のたびに条件が見直されます。数字を鵜呑みにせず、申請する公募回の要領で確かめるという前提を持っておくのが安全です。
公募回ごとに条件が動きます。
名称が変わった経緯
結論： 事業承継・引継ぎ補助金は令和6年度から事業承継・M&A補助金に名称が変わり、制度としては連続しています。
事業承継・引継ぎ補助金からの改称
中小企業基盤整備機構は、事業承継・引継ぎ補助金が令和6年度から事業承継・M&A補助金に名称が変わったと案内しています。制度が終わったわけではありません。
検索すると旧名称の解説記事が多く残っています。枠の構成も名称も変わっているため、古い記事の内容をそのまま当てはめると話が合わなくなります。
中身の枠組みは引き継がれています。
公募回の進み方
中小企業庁の補助金公募情報によれば、十三次公募の公募要領は2025年10月17日に公表され申請受付は同年10月31日から11月28日まで、十四次公募は2026年1月30日公表で申請受付は同年2月27日から4月3日まで、十五次公募は2026年5月22日公表で申請受付は同年6月19日から7月24日までとされています。
年に3回前後のペースです。1回あたりの申請期間は1か月程度しかないため、公募要領が出てから準備を始めると間に合わないことがあります。承継の相談を始めた時点で、次の公募回を想定して動き出すほうが現実的です。
事業承継促進枠が使える場面
結論： 事業承継促進枠は5年以内に親族内承継または従業員承継を予定している事業者が対象で、承継に向けた設備投資が補助されます。
5年以内の承継予定という要件
要件は、5年以内に親族内承継又は従業員承継を予定していることです。M&Aで社外に譲る場合はこの枠ではなく、専門家活用枠を使います。
5年という期間は、承継の実務からすると短くはありません。株式の移転、後継者の育成、金融機関との調整を考えると、むしろちょうどよい単位です。逆にいえば、承継の時期を具体的に決めていない会社は、この枠の入口に立てません。
対象になる設備費
対象経費には、設備費、産業財産権等関連経費、謝金、旅費、外注費、委託費等が含まれます。4つの枠のなかで設備費が入るのは、この枠とPMI推進枠の事業統合投資類型です。
承継を機に古い設備を入れ替えたい、という場面と相性がよい設計です。「息子に渡す前に、せめて機械だけでも直しておきたい」というお声はよく聞きます。渡された側が最初の1年で大きな投資を迫られる状態は、承継そのものを難しくします。
賃上げでの上限引上げ
補助上限は800万円から1,000万円とされ、一定の賃上げを実施する場合に1,000万円へ引き上げられます。補助率は2分の1または3分の2で、中小企業者等のうち小規模事業者に該当する場合は3分の2です。
賃上げを条件に上限が上がる設計は、近年の補助金に共通しています。上乗せを取りにいくかどうかは、承継後の人件費をどこまで見込めるかで判断することになります。
専門家活用枠の3類型
結論： 専門家活用枠は買い手支援類型、売り手支援類型、小規模売り手支援類型の3つに分かれ、M&Aの専門家費用が補助対象になります。
買い手支援類型
譲り受ける側が使う類型です。補助上限は600万円から800万円で、800万円を上限にデューデリジェンス費用の申請をする場合は200万円が加算されます。さらに100億企業要件を満たす場合は2,000万円とされています。
補助率は3分の1、2分の1、3分の2と分かれ、100億企業要件を満たす場合は1,000万円以下の部分が2分の1、1,000万円を超える部分が3分の1です。
デューデリジェンス費用が加算の対象になっている点は実務的です。財務や税務の調査を省いて買った結果、簿外債務が出てくるという話は現実にあります。
売り手支援類型
譲り渡す側が使う類型で、補助上限は600万円から800万円です。補助率は2分の1または3分の2で、3分の2になるのは、赤字である場合か、物価高の影響等による営業利益率の低下がある場合のいずれかに該当するときとされています。
業績が厳しい会社ほど支援を厚くする設計です。売り手側は、譲渡までの間も資金繰りを回し続けなければなりません。手数料の負担が軽くなる意味は小さくありません。
小規模売り手支援類型
小規模の売り手に的を絞った類型で、補助上限は450万円、補助率は3分の2です。中小企業基盤整備機構は、この類型のチラシを2026年5月22日に公開しました。
小さな会社ほど、仲介手数料の最低報酬額が重くのしかかります。譲渡価額が数千万円でも手数料は定額で発生するため、手取りが目減りします。この類型は、その構造に対応するものといえます。
PMI推進枠と廃業・再チャレンジ枠
結論： PMI推進枠はM&A後の経営統合を支える枠で、廃業・再チャレンジ枠は承継やM&Aに伴う廃業費用を支える枠です。
統合後の投資
PMI推進枠には2つの類型があります。PMI専門家活用類型は補助上限150万円、補助率2分の1。事業統合投資類型は補助上限800万円から1,000万円で、一定の賃上げを実施する場合に1,000万円へ引き上げられ、補助率は2分の1または3分の2です。
M&Aは契約が終わってからが本番です。会計システムが違う、給与体系が違う、原価の集計方法が違う。そこを揃える作業に費用がかかります。買収の資金は用意していても、統合の費用は見込んでいなかったという会社が多いところです。
廃業費用の扱い
廃業・再チャレンジ枠の対象経費は、廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、そして併用申請の場合のみ移転・移設費用です。補助上限は150万円、補助率は2分の1または3分の2とされています。
たたむにもお金がかかります。借りていた店舗の原状回復、機械の解体と搬出、リース契約の中途解約。これらが払えないために廃業の判断を先送りし、赤字が積み上がるという流れは実際にあります。
補助対象になる費用
結論： 4つの枠に共通して謝金、旅費、外注費、委託費が対象になり、設備費が入るのは事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型です。
謝金・外注費・委託費
専門家活用枠の対象経費は、謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料です。M&A仲介会社への手数料、財務・税務デューデリジェンスの費用、弁護士への依頼料などがここに入ります。
保険料が対象に含まれているのは、表明保証保険を想定したものです。中小企業のM&Aでも使われる場面が出てきています。
いずれも支援機関への支払いが中心です。
設備費が入る枠
設備費が対象になるのは、事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型です。承継の前に設備を整える、あるいは統合後に共通のシステムを導入するといった投資が該当します。
設備は固定資産にあたるため、補助金を受け取った期の処理も変わります。専門家費用のように費用で処理する枠とは、決算での見え方が別になります。
登録された支援機関でないと対象にならない
結論： 専門家活用枠では、仲介手数料やフィナンシャル・アドバイザー費用について、あらかじめM&A支援機関登録制度に登録された事業者の支援に係るものだけが補助対象になります。
M&A支援機関登録制度の仕組み
中小企業庁が運用するM&A支援機関に係る登録制度は、中小M&Aガイドラインの遵守の宣言等を登録要件として、M&A支援を行うフィナンシャル・アドバイザーまたは仲介業者を登録するものです。登録された事業者は一覧として公表されます。
制度の趣旨は、支援の質を一定の水準に保つことにあります。中小企業のM&Aでは、依頼した側が相場も手順も分からないまま契約に進むことが多く、そこに歯止めをかける仕掛けです。
仲介・FA費用は登録業者に限られる
補助対象になるのは、登録されたフィナンシャル・アドバイザーまたはM&A仲介業者による費用です。登録のない事業者に依頼した場合、その手数料は対象から外れます。
ここが実務でいちばん怖いところです。契約を結び、着手金を払ってから登録の有無に気づいても、後戻りはできません。「知り合いの紹介だったので確認していませんでした」というご相談を実際に受けたことがあります。依頼先を決める前に、公表されている登録一覧で名前を確かめる作業が要ります。
デューデリジェンス費用は登録不要
一方で、財務や法務のデューデリジェンス費用、そしてM&Aマッチングサイトの登録等に係るシステム利用料については、必ずしも登録されたフィナンシャル・アドバイザー等である必要はないとされています。
つまり、顧問税理士や弁護士に調査を依頼する費用は、登録の有無とは切り離して考える形です。仲介の部分だけが登録制度に紐づいている、と整理しておくと分かりやすくなります。
専門家費用の税務上の扱い
結論： M&Aの専門家費用は、株式を取得するために要したものか、それ以外かで税務上の扱いが分かれます。
株式取得の付随費用
株式を譲り受ける形のM&Aでは、仲介手数料やデューデリジェンス費用のうち、株式の取得に要したものは有価証券の取得価額に含める扱いが基本になります。支払った期にそのまま損金になるとは限らない、ということです。
一方、買収を検討したものの取りやめた場合の調査費用など、取得に至らなかった支出の扱いは別に考えます。ここは実際の契約の流れと、支出の目的で判断が変わる領域です。
事業譲渡のとき
事業譲渡の形をとる場合は、譲り受けた資産と負債を時価で受け入れ、差額がのれんとして扱われます。株式譲渡とは損金になる時期も金額も変わります。
同じM&Aでも、株式を買うのか事業を買うのかで税務はまったく別物です。補助金の枠は同じ専門家活用枠でも、決算での処理は分かれます。個別の判断は税理士にご相談ください。
補助金そのものの課税
補助金は法人税法上の益金に算入されます。設備費で取得した固定資産については圧縮記帳という方法がありますが、専門家費用のように費用性の支出には使えません。
事業承継促進枠で設備を入れた場合と、専門家活用枠で仲介手数料に充てた場合とでは、同じ補助金でも決算での扱いが変わるということです。
受け取った期の益金になります。
申請前に確認する点
結論： 申請前に確かめるべきは、公募回ごとに条件が変わること、そして事業承継税制など他の制度との組み合わせです。
公募回ごとに変わる条件
補助上限も補助率も対象経費も、公募回で見直されます。前回の要領を前提に計画を作ると、申請の直前で組み直すことになります。
数字を扱う資料を社内で回すときは、どの公募回のものかを必ず添えておくと混乱しません。承継の話は年単位で進むため、途中で条件が変わることを前提にした進め方が要ります。
申請の前に、その回の公募要領を原文で読みます。
事業承継税制との関係
事業承継促進枠を使う会社の多くは、事業承継税制の適用も検討します。補助金は設備投資や専門家費用を支える制度、事業承継税制は株式に係る贈与税・相続税の納税を猶予する制度で、目的が違います。
どちらも要件と期限があり、それぞれ別の窓口で手続きします。承継のスケジュール表に両方を並べて置くと、動く順番が見えてきます。
よくある相談事例｜業種別の受け止め方
製造業｜息子への承継を3年後に予定
「設備が20年もので、このまま渡すのは申し訳ない」という言葉から始まった相談でした。後継者は決まっており、時期の目安も立っていました。
事業承継促進枠の5年以内という要件には収まる状況です。ただ、設備の入れ替えを先に済ませたいという希望と、公募回のスケジュールが合いませんでした。整理の結果、次の公募回まで数か月待ち、その間に事業承継税制の特例承継計画と設備の見積もりを並行して進める形にしています。急がば回れになった例です。
小売業｜買い手が見つかったが手数料が重い
複数店舗を持つ会社の譲渡案件です。仲介会社から提示された手数料が、想定していた譲渡価額に対して大きく、手取りが読めないというご相談でした。
まず数字を並べ直しました。仲介手数料、デューデリジェンス費用、弁護士費用を分けて積み上げ、専門家活用枠の売り手支援類型で補助される範囲を当てはめています。直近の決算が赤字であったため、補助率の面でも条件を確認する流れになりました。金額の見通しが立ったことで、譲渡の可否そのものを冷静に判断できるようになっています。
よくある質問
事業承継・引継ぎ補助金と何が違うの？
後継者がまだ決まっていなくても申請できる？
仲介手数料は全部が補助対象になる？
廃業だけでも使える？
まとめ：承継の時期を決めてから枠を選ぼう
事業承継・M&A補助金は、承継の入口から出口までを4つの枠で支える制度です。ここまでの要点を整理します。
- 枠は事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠
- 事業承継促進枠は5年以内の親族内承継・従業員承継が対象で上限800〜1,000万円
- 専門家活用枠は買い手・売り手・小規模売り手の3類型
- 廃業・再チャレンジ枠は他の枠と併用でき、上限が加算される
- 設備費が入るのは事業承継促進枠と事業統合投資類型
- 条件は公募回ごとに変わるため、申請する回の公募要領で確認する
本文で書かなかったことを1つ。この補助金でいちばん困るのは、条件が厳しいことではなく、承継の意思決定が止まっていることです。誰に、いつ、どの形で渡すのか。ここが決まれば枠は自然に決まります。決まらないうちは、どの枠の要領を読んでも判断できません。
承継の時期と手順を数字の面から整理したい場合は、税理士法人Light UPの無料相談からお声がけください。自社株の評価と納税資金の見通しを含めて、進め方を一緒に組み立てます。
出典
- 中小企業基盤整備機構「事業承継・M&A補助金のご案内」
- 中小企業庁「補助金公募情報」（事業承継・M&A補助金 十三次公募〜十五次公募）
- 中小企業庁「M&A支援機関登録制度の申請受付（令和8年度公募）について」／M&A支援機関登録制度 公募要領（令和8年度）
- e-Gov法令検索「法人税法」第42条
