株式譲渡と事業譲渡の違い｜M&Aの税務
監修税理士法人Light UP 代表社員（税理士） 中村 清誉
「仲介会社からは株式譲渡でと言われたが、買い手は事業譲渡を希望していると聞いた。どちらが自分にとって得なのか判断がつかない」。「同じ1億円で売っても、手元に残る金額が違うと言われた。何がそんなに変わるのか」――会社の譲渡を検討し始めた経営者から、この2つの質問はほぼ必ず出ます。
株式譲渡と事業譲渡は、譲渡代金の額が同じでも、売り手の手取りが大きく変わります。理由は単純で、株式譲渡は株主個人が一度課税されて終わるのに対し、事業譲渡は会社が法人税等を払い、そのあと株主が受け取る段階でもう一度課税されるためです。ここに消費税と手続きの重さが加わり、選択の結論が決まっていきます。
ただし、税負担が軽い方を選べば済む話にはなりません。買い手には買い手の事情があり、事業譲渡でなければ買えない理由を抱えていることがあります。株主が分散していて株式譲渡そのものが成立しない会社もあります。私たちが相談を受けるときは、税負担の比較を出したうえで、そもそもどちらが実行可能なのかを先に潰していきます。
この記事では、両者の違いを構造から整理したうえで、売り手の税負担、消費税、買い手の税務、簿外債務、手続き、株主構成、競業避止義務、退職金との組み合わせという順で見ていきます。最後に判断軸を表にまとめ、実務でよく出る分岐を事例として置きます。
株式譲渡と事業譲渡は「何を売るか」が違う
結論： 株式譲渡は会社という箱ごと株主が売る取引、事業譲渡は会社が自分の中身を選んで売る取引です。売り手が誰なのかが根本的に違い、税負担の差はここから生まれます。
株式譲渡は会社ごと渡す
株式譲渡では、オーナーが持っている株式を買い手に売ります。会社そのものは何も変わらず、社名も法人番号も取引先との契約も従業員の雇用も、そのまま残ります。変わるのは株主が誰かという一点だけです。たとえるなら、家財道具を積んだまま家を建物ごと売るようなものです。
代金を受け取るのは、会社ではなく株主個人（または株主である法人）です。会社に入るお金はありません。
事業譲渡は中身を選んで渡す
事業譲渡では、会社が持っている資産や契約を、ひとつずつ選んで買い手に売ります。売る主体は会社であり、代金は会社の口座に入ります。オーナー個人が直接受け取るわけではありません。
譲渡の対象は、機械や車両などの固定資産、在庫、取引先との契約、従業員、そして営業権（のれん）です。何を含めて何を残すかは契約で決めます。不採算の一部門だけを切り出す、逆に本業だけを売って不動産は会社に残す、といった設計ができるのが特徴です。
会社が残るかどうかで、その後の作業量が変わる
株式譲渡では、売り手側にその後の作業がほとんど残りません。一方の事業譲渡では、事業を売ったあとの会社が手元に残ります。残った会社には現預金と、譲渡しなかった資産・負債が入っています。これをどうするか（清算するのか、資産管理会社として残すのか）を別途決める必要があり、清算するなら解散・清算結了までの手続きと申告が発生します。
売り手の税負担｜株式譲渡は一段階、事業譲渡は二段階
結論： 個人株主の株式譲渡は約20%の分離課税で完結しますが、事業譲渡は会社に法人税等がかかり、そのあと個人が受け取る段階でもう一度課税される二段階構造になります。
個人株主の株式譲渡は申告分離課税
個人が非上場株式を譲渡した場合、譲渡益は他の所得と合算されず、単独で税額が計算されます。国税庁のタックスアンサーNo.1463は、この扱いについて「株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額および雑所得の金額は、他の所得の金額と区分して税金を計算する申告分離課税となります」という趣旨を示しています。税率は所得税15%・住民税5%に復興特別所得税を加えた20.315%です。
同じ国税庁の解説には、復興特別所得税について「平成25年から令和19年までは、復興特別所得税として各年分の基準所得税額に2.1パーセントを乗じた額を所得税と併せて申告・納付することになります」と記載されています。0.315%はこの2.1%から出た数字です。
譲渡益は、譲渡代金から取得費と譲渡費用を引いて求めます。取得費は、創業時に払い込んだ資本金相当額であることが多く、数十年前に設立した会社では取得費がごく小さくなります。つまり代金のほぼ全額が譲渡益になる、という前提で見ておく必要があります。
法人が株主として売る場合と、個人が売る場合
親会社が子会社株式を売るケースなど、株主が法人である場合は分離課税の対象外です。譲渡益は他の所得と合算され、法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税がかかります。中小法人の実効税率はおおむね30%台前半です。
事業譲渡では、売却益（譲渡代金と帳簿価額の差額）が会社の益金になり、法人税等の対象になります。この段階で30%台の課税を受けます。
残ったお金を経営者が手にするには、配当を出すか、役員退職金として支払うか、会社を清算して残余財産を分配するかのいずれかです。配当なら総合課税の配当所得、清算による分配ならみなし配当として扱われ、いずれも累進税率の世界に入ります。結果として、法人段階と個人段階を合わせた負担が、株式譲渡の20.315%を上回ることが多くなります。
手取りで並べて初めて比較になる
売り手が見るべきなのは譲渡価格ではなく、税引後に手元に残る金額です。事業譲渡の提示額が株式譲渡より高くても、二段階課税を通したあとで逆転することがあります。交渉の初期段階で、両方式の手取り試算を並べておくと、価格の議論がぶれません。
譲渡額ではなく、税引後にいくら残るかで比べます。同じ金額でも、方式によって差が出ます。
一般的な計算例｜同じ譲渡額でも残る金額が変わる
結論： 数字を置いてみると差の大きさが見えます。以下は仕組みを説明するための一般的な計算例であり、実際の税額は取得費・繰越欠損金・所得の状況によって変わります。
譲渡代金1億円、取得費1,000万円、譲渡する事業の帳簿価額も1,000万円、という単純化した前提を置きます。
- 株式譲渡の場合：譲渡益は9,000万円。20.315%の分離課税で約1,828万円が税額となり、手取りはおよそ8,172万円です。
- 事業譲渡の場合：会社の売却益は9,000万円。実効税率を33%とすると約2,970万円が法人税等となり、会社に残るのは約7,030万円です。
- その7,030万円を配当や清算分配で個人に移すと、その段階でさらに課税されます。仮に合計20%の負担がかかるとすると、個人の手取りはおよそ5,600万円です。
繰越欠損金が残っている会社や、役員退職金を組み合わせられる会社では、この差は縮みます。逆に、譲渡する資産の含み益が大きい会社では差が広がります。数字は自社の決算書に当てて出し直さないと意味がありません。
消費税は事業譲渡にだけ出てくる
結論： 株式の譲渡は消費税の非課税取引ですが、事業譲渡では譲渡する資産のうち課税資産に消費税がかかります。金額が大きくなるため、価格交渉と納税資金の両方に影響します。
課税資産と非課税資産の線引き
建物・機械・車両・在庫・特許権、そして営業権（のれん）は課税資産です。一方、土地と債権は非課税または不課税として扱われます。国税庁は非課税となる取引の解説で、土地の譲渡・貸付けについて「土地には、借地権などの土地の上に存する権利を含みます」と示しており、土地の上に存する権利もまとめて非課税の対象になります。有価証券の譲渡も同様に非課税です。
そのため、譲渡対象に土地が多く含まれる会社と、のれんが大きい会社とでは、消費税の負担額がまったく違ってきます。
総額か税抜きかで揉めやすい。納税資金を先に取り分けておく
消費税を負担するのは買い手ですが、納付するのは売り手である会社です。契約書の金額が税込みなのか税抜きなのかを明記していないと、決済の直前で1割の食い違いが表面化します。基本合意の段階で税抜表示に統一し、課税資産と非課税資産の内訳を別表にしておくと、後の争いを避けられます。
受け取った消費税は預り金です。事業譲渡の代金が入金された時点で、消費税相当額を別口座に移しておくのが安全です。譲渡代金を返済や分配に回してしまい、確定申告の時期に納税資金が足りなくなる、という事故は珍しくありません。
買い手の税務｜のれんを5年で落とせるかどうか
結論： 事業譲渡で生じた税務上ののれんは60か月で損金になりますが、株式譲渡では買い手側にこの償却が生じません。買い手にとっての価値が違うため、価格の出方も変わります。
事業譲渡は資産調整勘定になる
買い手が支払った金額のうち、受け入れた資産と負債の差額を超える部分は、税務上の資産調整勘定として扱われます。法人税法第62条の8第4項は、資産調整勘定の当初計上額を「六十で除して計算した金額に当該事業年度の月数を乗じて計算した金額」を減額しなければならないと定めており、同条第5項でその減額分を損金に算入することとしています。5年（60か月）で均等に費用化されるという意味です。
会計上ののれんが20年以内での償却であるのに対し、税務上は60か月と決まっている点が実務での混乱の元になります。
株式譲渡では買い手に償却は生じない。この差が価格として返ってくる
株式譲渡で買い手が取得するのは株式です。株式は減価償却の対象ではないため、支払った金額を費用化することはできません。連結決算を組む会社であれば連結上ののれん償却は出ますが、単体の税務では損金になりません。
税務上の償却が使える分、買い手は事業譲渡に対して価格を上乗せできる余地があります。売り手としては、事業譲渡を提案されたときに、その税務メリットを価格に反映してもらう交渉ができます。買い手が有利になる方式を、価格の調整なしで受け入れる必要はありません。
簿外債務と偶発債務のリスク
結論： 株式譲渡では会社の権利義務がまとめて引き継がれるため、買い手は帳簿にない債務まで背負います。事業譲渡なら承継する範囲を契約で切れるため、買い手が事業譲渡を望む最大の理由になります。
株式譲渡は包括承継。事業譲渡との違い
未払残業代、係争中の訴訟、退職給付の積立不足、税務調査で指摘されうる論点。これらは決算書に出てこないまま会社に残っています。株式譲渡では、買い手はこれらを丸ごと引き受けることになります。
事業譲渡なら、引き継ぐ資産・契約・従業員を契約書に列挙し、それ以外は承継しないと定められます。買い手にとってはリスクの遮断ができるため、財務や労務に不安がある会社では事業譲渡を条件にされることがあります。
なお、譲渡会社の商号を買い手が引き続き使う場合には、会社法上、譲渡会社の債務について買い手も責任を負う場面があります。商号の扱いは軽く決められる話ではなく、専門家の確認が要ります。
表明保証とデューデリジェンス
株式譲渡でも、買い手のリスクは表明保証条項と価格調整で埋めるのが実務です。売り手は、聞かれる前に自ら開示しておく方が結果的に有利になります。隠していた事実が調査で出てくると、価格が下がるだけでなく、交渉そのものが止まります。
調査で見つからなかったものへの備えです。契約書で誰が負うかを決めておきます。買い手側の調査と、売り手側の保証は対になっています。
手続きの重さ｜株主総会か、契約の巻き直しか
結論： 株式譲渡は株主の間の売買として比較的軽く終わりますが、事業譲渡は株主総会の特別決議と、契約・従業員・許認可の個別対応が必要になり、実務の負担が跳ね上がります。
会社法が求める株主総会の決議
会社法第467条第1項は、事業の全部の譲渡などを行う場合、「当該行為がその効力を生ずる日の前日までに、株主総会の決議によって、当該行為に係る契約の承認を受けなければならない」と定めています。この決議は特別決議です。
同項第2号は、事業の重要な一部の譲渡について、譲り渡す資産の帳簿価額が総資産額の「五分の一（これを下回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合）を超えないものを除く」としています。総資産の5分の1が一つの目安になります。
譲渡制限株式なら承認決議が要る。従業員は自動では移らない
株式譲渡でも、定款で株式に譲渡制限が付いている会社（中小企業のほとんどが該当します）では、株主総会または取締役会の承認決議が必要です。手続きが不要と思われがちですが、議事録が残っていないと後から効力を争われます。
事業譲渡で従業員を引き継ぐには、一人ずつの同意が必要です。雇用契約は当事者の合意で成り立っているため、会社が勝手に相手を変えることはできません。条件が下がる転籍を打診すれば、断られる可能性があります。中核人材が抜けることを前提に価格が組まれることもあります。
許認可は原則として取り直し
建設業、産業廃棄物、飲食、運送、医療機器など、許認可が必要な事業では、事業譲渡によって許認可は自動的に移りません。買い手が新たに取得することになり、その期間だけ事業が止まるリスクがあります。株式譲渡なら会社が同じなので、許認可はそのまま残ります。この一点で株式譲渡に決まる案件があります。
業種によっては数か月かかります。
株主が分散していると株式譲渡は止まる
結論： 買い手は通常、100%の株式取得を求めます。株主が分散していて全株を集められない会社では、税負担で有利であっても株式譲渡を選べません。
全株を集められるかを先に確かめる。集められない場合の代替
創業時の名義株主、相続で分かれた親族、退職した元役員。株主名簿を開くと、連絡の取れない株主が出てくることがあります。買い手に提示する前に、株主名簿・法人税申告書別表二・株券の有無の3点を突き合わせて、現在の株主を確定させる作業が先に来ます。
一部の株主の同意が得られないときは、事業譲渡や会社分割で事業だけを移すことが現実的な選択肢になります。税負担は重くなりますが、取引が成立しないよりは前に進みます。名義株や所在不明株主の整理には時間がかかるため、譲渡を検討し始めた時点で着手するのが得策です。
競業避止義務は20年間、自動でついてくる
結論： 事業譲渡をすると、契約で別段の定めを置かない限り、同一市町村と隣接市町村で20年間は同じ事業を行えません。譲渡後に再び同じ商売を始める予定がある人は、必ず確認が必要です。
会社法第21条第1項は、事業を譲渡した会社は「当事者の別段の意思表示がない限り」、同一の市町村の区域内および隣接する市町村の区域内において「その事業を譲渡した日から二十年間は、同一の事業を行ってはならない」と定めています。
株式譲渡にはこの法律上の制限はありませんが、実務では契約書に競業避止条項が入るのが通例です。範囲・期間・違反時の効果は、署名の前に読み合わせておく必要があります。年齢的にもう商売はしないつもりでも、家族が同業を始める可能性を考えると、範囲の書き方は詰めておくべきです。
役員退職金との組み合わせ
結論： 譲渡代金の一部を役員退職金として受け取る設計は、両方式で意味が変わります。事業譲渡では法人段階の利益を圧縮する手段になり、株式譲渡では株価を下げる手段になります。
事業譲渡では、売却益が出た期に役員退職金を支給すれば、その分が損金になり、法人税等の負担が下がります。そのうえで退職所得として受け取れば、勤続年数に応じた退職所得控除が使えます。
株式譲渡では、譲渡の直前に退職金を支給すると純資産が減り、株価が下がります。株価が下がった状態で譲渡すれば、譲渡益が小さくなります。ただし買い手との交渉では、退職金支給後の純資産を前提に価格が組み直されるため、単純に得をするとは限りません。
いずれの場合も、退職金の額が不相当に高額と判断されれば、その部分は損金になりません。功績倍率や在任年数の根拠を残し、株主総会の決議を経ることが前提です。
判断軸の整理
結論： 税負担だけで決めると、実行できない方式を選んでしまいます。以下の軸を順に見ると、実行可能性のほうが先に決まります。
| 判断軸 | 株式譲渡 | 事業譲渡 |
|---|---|---|
| 売る主体 | 株主（個人または法人） | 会社 |
| 代金の入り先 | 株主 | 会社 |
| 売り手の課税 | 個人なら20.315%の分離課税 | 法人税等ののち、個人段階で再度課税 |
| 消費税 | かからない（非課税取引） | 課税資産に課税 |
| 買い手ののれん償却 | なし | 資産調整勘定として60か月 |
| 簿外債務 | 包括的に承継 | 契約で範囲を限定できる |
| 従業員 | そのまま継続 | 個別に同意が必要 |
| 許認可 | 会社に残る | 原則として取り直し |
| 会社法の手続き | 譲渡承認決議 | 株主総会の特別決議（総資産の5分の1超） |
| 競業避止義務 | 契約で定める | 法律上20年 |
| 株主分散への耐性 | 弱い（全株の集約が前提） | 強い |
事例｜実務で分かれる4つの分岐
結論： 同じ規模の会社でも、許認可・株主構成・買い手の事情のどれが決め手になるかで結論が変わります。実際に相談を受ける典型を4つ挙げます。
建設業で株式譲渡に決まった会社。 税負担の比較では事業譲渡でも大きな差はないと見られていましたが、建設業許可の経営業務管理責任者の要件を買い手側で満たすのに時間がかかることが判明しました。許可の空白期間を作れないため、会社ごと引き継ぐ株式譲渡に落ち着いています。
不採算部門だけを切り出した会社。 3事業のうち1事業だけが赤字で、買い手はその1事業のみを希望しました。株式譲渡では会社全体が動いてしまうため成立せず、事業譲渡で当該部門と従業員だけを移しています。残った会社は本業を続けています。
株主が7人に分かれていた会社。 創業時の発起人要件で名前を借りた株主の相続人と連絡が取れず、全株の集約ができませんでした。株式譲渡を断念し、事業譲渡に切り替えています。税負担は重くなりましたが、代わりに役員退職金を組み合わせて法人段階の利益を圧縮しました。
簿外債務が理由で事業譲渡になった会社。 未払残業代の指摘があり、買い手が包括承継を避けました。売り手は税負担の増加分を価格に上乗せする交渉を行い、最終的に差額の一部を買い手が負担する形で合意しています。
支援制度と進め方
結論： 中小企業のM&Aには、仲介業者の登録制度と国のガイドライン、そして専門家費用の補助制度があります。相手を選ぶ前に、この3つを押さえておくと判断を誤りにくくなります。
M&A支援機関登録制度
中小企業庁は2021年8月にM&A支援機関登録制度を創設し、登録を希望する支援機関に中小M&Aガイドラインの遵守宣言を求めています。2025年2月時点の登録数は2,841件（法人2,166件、個人事業主675件）です。依頼先を選ぶ際の入口が、この登録の有無です。
登録された機関でないと、補助金の対象になりません。
中小M&Aガイドライン
中小企業庁は2024年8月30日に中小M&Aガイドラインの第3版を公表しました。不適切な譲り受け側の存在、経営者保証をめぐるトラブル、過剰な営業や広告といった課題への対応が盛り込まれ、仲介者・FA向けの留意事項が拡充されています。手数料の体系や専任条項の内容は、このガイドラインに沿っているかを基準に見ると判断しやすくなります。
事業承継・M&A補助金
譲渡側・譲受側のいずれも、仲介手数料やデューデリジェンス費用について補助を受けられる枠があります。令和7年度補正予算の専門家活用枠では、補助率は原則2分の1以内、営業利益率の低下や直近期の赤字といった要件に該当する場合は3分の2以内、補助上限は通常600万円で、一定の要件を満たす場合には最大2,000万円まで引き上げられます。公募の時期と要件は年度ごとに変わるため、着手前に最新の公募要領へ当たる必要があります。
よくある質問
Q. 株式譲渡と事業譲渡、売り手にとってどちらが有利ですか？
A. 税負担だけを見れば、個人株主による株式譲渡の方が軽くなる傾向があります。ただし許認可の承継、株主の集約可能性、買い手の希望によって実行できる方式が限られるため、税負担の比較だけで決めることはできません。
Q. 事業譲渡の代金は会社に入るとのことですが、経営者はどう受け取るのですか？
A. 配当、役員退職金、会社を清算した場合の残余財産の分配のいずれかです。それぞれ課税の扱いが異なるため、譲渡の設計段階で受け取り方まで決めておく必要があります。
Q. 消費税は売り手と買い手のどちらが負担しますか？
A. 負担するのは買い手ですが、申告して納付するのは売り手の会社です。契約書の金額が税込みか税抜きかを明記し、受け取った消費税相当額は納税まで別に置いておいてください。
Q. 従業員に説明するのはいつが適切ですか？
A. 事業譲渡では個別の同意が必要なため、契約締結の前に一定の説明が避けられません。株式譲渡では基本合意後に伝える例が多いものの、社内の動揺を抑える観点から、時期と伝え方は買い手と事前に打ち合わせておくのが安全です。
Q. 株式の一部だけを譲渡することはできますか？
A. 法律上は可能ですが、買い手が経営権の取得を目的とする以上、全株または過半数の取得を求められるのが通常です。一部だけ残す設計は、株主として意思決定に関与し続けたい場合を除き、買い手に受け入れられにくくなります。
Q. どの段階で税理士に相談すべきですか？
A. 仲介会社と契約する前です。方式が決まったあとでは、手取り額を変える余地がほとんど残りません。株主構成と直近の決算書を持って、手取りの試算から始めてください。
まとめ：方式の選択は、税負担と実行可能性の両方で決める
株式譲渡と事業譲渡の差は、売る主体が株主なのか会社なのか、という一点から生まれます。株主が売る株式譲渡は個人の分離課税で完結し、会社が売る事業譲渡は法人税等を通ったあとに個人段階の課税が乗ります。消費税も事業譲渡にだけ発生します。
一方で、許認可の承継、株主の集約、簿外債務への買い手の姿勢といった要素が、方式そのものを決めてしまうことがあります。税負担で有利な方式が、そもそも実行できない場合があるということです。
進め方としては、株主名簿の確定と直近3期の決算書の整理から始め、両方式の手取り試算を並べ、そのうえで買い手との交渉に入るのが順当です。仲介会社と契約したあとでは、選べる範囲が急に狭まります。方式の検討は、相手を探し始める前に済ませておいてください。
自社の場合にどちらが現実的なのか、手取りがどれくらい変わるのかを具体的に確認したい方は、Light UPの無料相談をご利用ください。株主構成と決算内容をもとに、実行可能な選択肢を整理してお伝えします。
出典
- 国税庁 タックスアンサー No.1463「株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」
- 国税庁 タックスアンサー No.6201「非課税となる取引」
- e-Gov法令検索 法人税法 第62条の8（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等）
- e-Gov法令検索 会社法 第21条（譲渡会社の競業の禁止）、第467条（事業譲渡等の承認等）
- 中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」2024年8月30日改訂
- 中小企業庁「M&A支援機関登録制度に係る登録フィナンシャル・アドバイザー及び仲介業者の公表」2025年2月
- 事業承継・M&A補助金（令和7年度補正予算）専門家活用枠 公募要領
