合同会社と株式会社の違い｜設立費用・信用・税金で比べる
hamada「合同会社のほうが安く作れると聞いたのですが、あとで困りませんか」。「取引先から会社にしてほしいと言われました。どちらでもいいのでしょうか」――法人化のご相談で、最初に出てくる分かれ道です。
結論からお伝えすると、税金の計算は両者でまったく同じで、違いが出るのは設立費用・機関設計・信用の3点です。設立にかかる実費は、電子定款で資本金100万円の場合、株式会社が約17万〜18万円、合同会社が6万円程度。おおよそ11万円前後の差になります。
税理士法人Light UPでは、この差額だけで決めることはしていません。11万円は一度きりの支出ですが、会社の形は取引先・金融機関・将来の株主に対して何年も残ります。誰に見られる会社なのかを先に決めてから、形を選ぶ順番でご案内しています。
この記事では、会社法上の位置づけ、費用の内訳、決算公告や役員任期といった運営面の違い、税務の扱い、そして後から変更できるのかまでを、法人化の相談現場で実際に問われる順に整理します。
合同会社と株式会社の違いはどこにあるか
結論： 合同会社と株式会社の違いは、設立費用・機関設計・対外的な信用の3点に集約されます。法人税をはじめとする税金の計算方法に違いはありません。
3つの違いの全体像
設立費用は、株式会社のほうが11万円前後高くなります。定款の公証人認証が要ることと、登録免許税の下限が高いことが理由です。
機関設計は、株式会社が株主総会と取締役を置くのに対し、合同会社は出資した社員がそのまま経営にあたります。決算公告の義務や役員の任期も、株式会社にだけ課されます。
信用は数値化できませんが、取引先の与信審査や採用の場面で差が出ることがあります。
同じところのほうが多く、選ぶ順番を間違えないこと
有限責任である点、法人税の計算方法、社会保険の適用、許認可の取り方。実務で日常的に触れる部分は、ほとんど共通です。
「合同会社だと消費税や社会保険で不利になりますか」というご質問をいただくことがありますが、そこに差はありません。
費用の差だけを見ると合同会社が有利に見えます。ただ、株式を発行して外部から出資を受ける予定があるなら、株式会社でなければ始まりません。
まず出口を決め、そこから形を選ぶ。この順番でないと、あとから組織変更の費用と手間がかかります。
設立費用の差【表】
結論： 設立にかかる法定費用は、電子定款で資本金100万円の場合、株式会社が約17万円、合同会社が6万円です。差額の中心は定款認証手数料と登録免許税の下限にあります。
費用の内訳と、定款認証が要るかどうか
設立にかかる費用は、どちらの形でも同じ項目で構成されます。違うのは、定款の認証が要るかどうかと、登録免許税の下限です。まず内訳を並べて、どこで差が付くかを見ておきます。
| 項目 | 株式会社 | 合同会社 |
|---|---|---|
| 定款認証の手数料 | 3万〜5万円（要件を満たせば1万5千円） | 不要 |
| 定款の印紙代 | 4万円（電子定款なら不要） | 4万円（電子定款なら不要） |
| 登録免許税 | 資本金の0.7%、最低15万円 | 資本金の0.7%、最低6万円 |
| 謄本の手数料 | 約2,000円 | 不要 |
| 法定費用の目安 | 約17万円 | 約6万円 |
法務省の「合同会社の設立手続について」では、合同会社の定款について「公証人の認証を受ける必要はありません」と示されています。一方、株式会社は「発起人の作成した定款は、会社の本店の所在地を管轄する法務局又は地方法務局所属の公証人の認証を受ける必要があります」とされています。
この違いは、経営と出資が分離している株式会社では、設立後の紛争を防ぐ必要が高いという考え方から来ています。
認証手数料は資本金で3段階
公証人手数料令第35条は、定款の認証手数料を資本金の額で区分しています。100万円未満は3万円、100万円以上300万円未満は4万円、それ以外は5万円です。
さらに100万円未満の場合、発起人の全員が自然人で3人以下、発起人が設立時発行株式の全部を引き受ける、取締役会を置かない、のすべてに該当すれば1万5千円になります。一人で小さく始める設立では、この区分に入ることが多くなります。
登録免許税の下限が違い、印紙代は工夫で消える
法務省は、株式会社の設立登記の登録免許税について「資本金の額に１０００分の７を乗じた金額です。ただし、これによって計算した税額が１５万円に満たないときは、申請件数１件につき１５万円です」としています。合同会社は同じ計算で下限が6万円です。
資本金が2,143万円を超えるあたりから0.7%のほうが大きくなり、下限の差は意味を失います。差が出るのは、資本金が小さい会社です。
紙で定款を作ると4万円の収入印紙が要ります。電子定款であれば不要です。これは株式会社でも合同会社でも同じ扱いです。
自分で電子定款を作るには機器と証明書が要るため、司法書士や行政書士に頼むほうが結果として安く済むことがあります。
会社法上の位置づけ
結論： 合同会社は、合名会社・合資会社とともに持分会社に分類され、株式会社とは別の章で規律されています。両者は名前が似ているだけで、法律上の設計思想が異なります。
持分会社という枠と、株式か持分か
e-Gov法令検索の会社法第575条は「合名会社、合資会社又は合同会社（以下「持分会社」と総称する。）を設立するには、その社員になろうとする者が定款を作成し」と定めています。
持分会社では、出資者のことを社員と呼びます。従業員という意味ではありません。ここは相談の場でよく取り違えられる言葉です。
株式会社では出資の単位が株式で、株式は原則として自由に譲渡できます。持分会社の持分は、他の社員の承諾がなければ譲渡できないのが原則です。
閉じた関係を前提に設計されているのが持分会社。開かれた資本を前提にしているのが株式会社。この違いが、後述する多くの差を生みます。
合同会社という新しい形
合同会社は2006年施行の会社法で新設された形態です。持分会社の柔軟さを持ちながら、社員全員が有限責任である点が特徴になります。
歴史が浅いため、業種によっては相手先の担当者が形態を知らないことがあります。
設立の件数は年々増えており、以前ほど珍しい形ではなくなりました。知名度の低さだけを理由に避ける必要はありませんが、取引先や業界によって受け止め方は違います。自社の相手を見て決めることです。
出資者と経営者の関係
結論： 合同会社では出資した社員がそのまま業務を執行しますが、株式会社では株主が取締役を選び、経営を委ねる形をとります。所有と経営が一致するか分離するかの違いです。
合同会社の業務執行と、株式会社の機関設計
会社法第590条第1項は「社員は、定款に別段の定めがある場合を除き、持分会社の業務を執行する」と定めています。出資した人が経営するのが原則で、定款で業務執行社員を絞ることもできます。
株主総会も取締役会もありません。意思決定の手続きが軽いぶん、動き出しは早くなります。
株式会社では、株主が株主総会で取締役を選任します。出資している人と経営する人が別でもかまいません。
一人で設立する場合は株主も取締役も自分ですから、実態としては合同会社と変わりません。差が出るのは、出資者が複数になったときです。
意思決定の速さと危うさ
合同会社は、社員が2人以上いる場合、業務は社員の過半数で決めます。数の少ない組織では、これが機動力になります。
一方で、社員同士が対立したときの調整ルールが株式会社ほど整っていません。共同経営で合同会社を選ぶ場合は、定款で決め方を細かく書いておく必要があります。
速さが利点になるのは、判断が正しいときだけです。合同会社では手続き上の歯止めが少ないぶん、社員が複数いる場合は定款で決議の方法を決めておくことになります。あとから揉める部分は、たいてい定款に書いていなかったところです。
責任の範囲は同じ
結論： 合同会社の社員も株式会社の株主も、責任は出資した額を限度とする有限責任です。会社が返せなくなった債務を、個人の財産で無制限に負うことはありません。
会社法第580条第2項は、有限責任社員について「その出資の価額（既に持分会社に対し履行した出資の価額を除く。）を限度として、持分会社の債務を弁済する責任を負う」と定めています。
合同会社は社員全員が有限責任です。無限責任社員がいる合名会社・合資会社とは、ここが決定的に違います。
法律上は有限責任でも、金融機関から借りるときに代表者の個人保証を求められれば、実質的な負担は変わりません。これは株式会社でも合同会社でも同じです。
「法人にすれば個人の財産は守られる」という理解は、保証の有無まで見ないと成り立ちません。
役員の任期と登記の手間
結論： 株式会社の取締役には任期があり、満了のたびに登記が必要です。合同会社の業務執行社員に任期はなく、変更がなければ登記も発生しません。
取締役の任期と、放置したときに起きること
会社法第332条第1項は、取締役の任期を「選任後二年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時まで」と定めています。第2項では、公開会社でない株式会社は定款によって10年まで伸長できるとしています。
非公開の中小企業であれば、10年に伸ばしておくのが実務では一般的です。
任期が満了しているのに重任の登記をしないままだと、過料の対象になります。10年に伸ばしていると、そのタイミングを忘れやすい。
「登記のことを誰も見ていなかった」というご相談は、設立から10年前後の会社で実際に多く寄せられます。
合同会社の身軽さ
合同会社には任期の定めがありません。社員の構成が変わらなければ、設立後に登記が発生しない期間が長く続きます。
司法書士への報酬も、その分だけかかりません。小さく長く続ける事業では、この差が積み上がります。
任期がないぶん、登記の機会そのものが減ります。役員の変更、本店の移転、目的の追加といった場面でしか登記が発生しません。手続きの負担を小さく保ちたい会社にとっては、この差が長く続きます。
決算公告の義務
結論： 株式会社は毎年の決算公告が法律上の義務ですが、合同会社に決算公告の義務はありません。公告の手段によっては、株式会社に年間数万円の費用が生じます。
公告義務の条文
会社法第440条第1項は「株式会社は、法務省令で定めるところにより、定時株主総会の終結後遅滞なく、貸借対照表（大会社にあっては、貸借対照表及び損益計算書）を公告しなければならない」と定めています。
官報に載せる場合は掲載料がかかります。自社サイトに掲載する電子公告を選べば、費用を抑えることもできます。
守られていない現実と、合同会社を選ぶ理由の一つ
中小の株式会社で決算公告を出している会社は多くありません。義務であることを知らないまま何年も過ぎているケースが大半です。
ここは制度と実務が離れている領域で、罰則が実際に適用される例も限られます。とはいえ、法律上の義務であることに変わりはありません。
決算の数字を外に出したくないという理由で合同会社を選ぶ方もいます。義務がない以上、公告の判断を毎年考えなくてよいのは確かに軽い。
利益の配分の決め方
結論： 株式会社の配当は持株数に比例しますが、合同会社は定款で自由に損益の分配割合を定められます。出資額と貢献度が一致しない事業では、この柔軟さが役立ちます。
会社法第622条第1項は「損益分配の割合について定款の定めがないときは、その割合は、各社員の出資の価額に応じて定める」としています。裏を返せば、定款で定めればその割合によることになります。
資金は出すが経営には関わらない人と、資金は少ないが技術を持ち込む人。この二人が組む事業では、出資比率と貢献度が食い違います。
技術やノウハウの提供者に厚く配分する設計は、合同会社ならではのものです。共同で研究開発を行う法人や、複数社の合弁で使われることがあります。
ただし極端な配分は、税務上の論点になることがあります。設計の段階で確認しておく必要があります。
税金の扱いは変わらない【表】
結論： 法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税・消費税のいずれも、合同会社と株式会社で計算方法は同じです。会社形態による税率の差はありません。
会社の形が違っても、課される税金の種類は同じです。法人税、地方法人税、法人住民税、法人事業税。税率も同じ区分で決まります。どちらを選ぶかで税負担が変わるという理解は、正確ではありません。
| 税目 | 株式会社 | 合同会社 |
|---|---|---|
| 法人税 | 同じ計算 | 同じ計算 |
| 法人住民税の均等割 | 資本金等と従業者数で決まる | 同じ基準 |
| 消費税 | 同じ判定 | 同じ判定 |
| 役員報酬の損金算入 | 定期同額給与などの要件 | 同じ要件 |
| 社会保険の適用 | 法人は原則加入 | 同じ |
法人住民税の均等割は、資本金等の額と従業者数の区分で決まります。会社の形ではなく、資本金の大きさが判定材料です。
資本金1,000万円を境に負担が変わるため、設立時の資本金をいくらにするかは、形態の選択とは別に検討することになります。
合同会社の業務執行社員に払う報酬も、株式会社の役員報酬と同じく定期同額給与などの要件を満たす必要があります。期の途中で自由に増減できるわけではありません。
信用の差が出る場面
結論： 合同会社であることが理由で取引を断られる例は多くありませんが、大企業との新規取引、金融機関の一部の審査、採用の場面では差が出ることがあります。
取引先の与信と、採用における見え方
上場企業やその子会社では、取引先の与信基準に会社形態を含めている場合があります。ここは相手の社内規程の問題ですから、事前に確認する以外に手はありません。
すでに個人事業として取引がある相手であれば、法人化しただけで扱いが変わることは少ないものです。
求人に出したときの応募数に差が出るという声があります。特に新卒や若い層では、合同会社という形態の認知度が影響することがあります。
一方、専門職の中途採用では、会社形態より事業の中身が見られる傾向があります。
金融機関の扱い
創業融資の場面で、形態そのものを理由に断られることは通常ありません。見られるのは事業計画と自己資金です。
ただし補助金や助成金の中には、応募要件で形態を限定しているものがあります。狙っている制度がある場合は、募集要項を先に確認する必要があります。
融資の判断で見られるのは、会社の形ではなく決算書と事業の中身です。合同会社だから借りられないということはありません。ただし、創業融資の申込みでは代表者の経歴と自己資金が問われる点は、どちらの形でも同じです。
資金調達の選択肢
結論： 合同会社は株式を発行できないため、第三者から出資を受けて成長を目指す設計には向きません。外部資本を入れる予定があるなら、株式会社を選ぶことになります。
投資家からの出資、従業員への株式付与、事業承継での株式の移転。株式を前提にした仕組みは、合同会社では使えません。
持分の譲渡には他の社員の承諾が要るため、投資家にとって出口が読みにくいという事情もあります。
金融機関からの借入は、形態による差がほとんどありません。決算の内容と返済能力で判断されます。
外部出資を考えていない事業であれば、この点は制約になりません。
株式であれば、贈与や相続で少しずつ移すことができます。事業承継税制のような制度も、株式を前提に組まれています。
家族に引き継ぐ想定がある会社では、この点が長期的な差になります。
後から株式会社に変えられるか
結論： 合同会社から株式会社への組織変更は会社法上できますが、官報公告と登記が必要で、費用と時間がかかります。最初から株式会社で作る場合より高くつくのが通常です。
手続きの流れと、かかる費用の目安
- 組織変更計画を作る：総社員の同意が必要になります。
- 債権者保護手続きを行う：官報に公告し、知れている債権者には個別に催告します。公告期間は1か月以上です。
- 登記を申請する：合同会社の解散登記と株式会社の設立登記を同時に行います。
登録免許税は、解散分と設立分の両方が必要です。官報公告の掲載料もかかります。専門家に頼めば報酬も加わります。
最初から株式会社にしておけば済んだ費用を、後から二重に払う形になります。
つまずきやすいのは2番目
債権者保護手続きに1か月以上かかるため、急に必要になっても間に合いません。取引先から株式会社にしてほしいと言われてから動くと、数か月の遅れが出ます。
まず合同会社で始めて様子を見る、という判断は可能です。ただ、変える可能性が高いと分かっているなら、最初から株式会社のほうが安く済みます。
組織変更は、社名も登記も変わる手続きです。取引先への通知、契約書の巻き直し、口座や許認可の名義変更まで含めると、登記が終わってからの作業のほうが多くなります。日程には、この後工程を入れておくことです。
判断の順番
結論： 会社形態は、外部出資の予定、取引先の性質、事業承継の想定、設立費用の順で検討します。費用を最初に見ると、後から変更が必要になったときに損をします。
4つの問い
- 外部から出資を受ける予定があるか：あるなら株式会社です。ここで決まる場合が多くあります。
- 取引先に形態を気にする相手がいるか：大企業との新規取引が主軸なら、株式会社が無難です。
- 家族に引き継ぐ想定があるか：株式のほうが移しやすく、使える制度も広くなります。
- 上の3つがいずれも当てはまらないか：合同会社で十分なことが多くなります。
費用は最後に見る。迷ったときの現実的な線引き
11万円の差は、事業を始めるうえで小さくない金額です。ただ、後から組織変更すればそれ以上かかります。
判断の材料としては最後に置く。それがこの4つの順番の意図です。
一人または家族だけで事業を回し、取引先が個人や中小企業中心で、外部資本を入れる予定がない。この条件がそろえば、合同会社を選んで支障が出る場面はほとんどありません。
よくある相談事例
法人化の相談現場で実際に多い3つの場面を挙げます。特定の顧問先が分かる内容は含めていません。
一人で受託業務をしている方／大手との取引を広げたい製造業
年商1,500万円ほどで、取引先は3社。すべて数年来の付き合いという状況でした。外部から出資を受ける予定はなく、家族に引き継ぐ想定もありません。
このケースでは合同会社を選ばれました。決め手は設立費用ではなく、任期の登記が発生しないことです。事務作業を増やしたくないという希望が最初にあったためです。
取引先を大手メーカーに広げたいという方針が先にありました。相手先の与信審査で形態が見られる可能性があるため、株式会社を選んでいます。
このとき同時に検討したのが資本金の額でした。1,000万円にすると均等割が上がり、消費税の免税事業者にもなれません。結果として、資本金は抑えて株式会社にする形に落ち着いています。
共同で始める2人の事業
2人で出資するが、資金は片方が多く出し、技術はもう片方が持ち込むという相談でした。出資比率どおりの配分では、技術を持ち込む側が納得しにくい構図です。
合同会社の損益分配の柔軟さが合う場面でしたが、将来的に第三者から出資を受ける可能性が残っていました。組織変更の費用と手間を説明したうえで、最終的には株式会社を選ばれています。定款ではなく、株主間の取り決めで調整する形にしました。
よくある質問
合同会社だと法人税が高くなりますか？
合同会社でも社会保険に入れますか？
合同会社の代表者はどう名乗るのですか？
一人でも合同会社は作れますか？
合同会社から株式会社に変えるといくらかかりますか？
補助金の申請で不利になりますか？
まとめ
- 違いが出るのは設立費用・機関設計・信用の3点で、税金の計算方法は同じ
- 法定費用の目安は、電子定款で資本金100万円なら株式会社が約17万円、合同会社が6万円
- 株式会社には取締役の任期と決算公告の義務があり、合同会社にはない
- 合同会社は株式を発行できないため、外部出資と事業承継では制約が出る
- 合同会社から株式会社への変更はできるが、官報公告と二重の登記費用がかかる
書かなかったことを最後に一つ。形態選びで一番もったいないのは、決めきれずに設立そのものが遅れることです。取引や採用の機会は待ってくれません。外部出資の予定がないなら合同会社で始め、必要になった時点で変える。その判断も十分に合理的です。
どちらを選ぶか迷う場面があれば、税理士法人Light UPの無料相談からお気軽にご連絡ください。取引先の顔ぶれと今後の資金計画をうかがったうえで、形態と資本金をあわせて整理します。
出典
- e-Gov法令検索「会社法」第575条（持分会社の定款の作成）・第580条（社員の責任）・第590条（業務の執行）・第332条（取締役の任期）・第440条（計算書類の公告）・第622条（損益分配の割合）
- 法務省「株式会社の設立手続（発起設立）について」（定款認証の要否・登録免許税は資本金の0.7%、最低15万円）
- 法務省「合同会社の設立手続について」（定款認証は不要・登録免許税は資本金の0.7%、最低6万円）
- e-Gov法令検索「公証人手数料令」第35条（定款認証手数料の3区分と1万5千円の特例）
【メタディスクリプション】
合同会社と株式会社の違いを、設立費用の内訳・機関設計・信用・税務の4つの角度から整理しました。役員任期や決算公告の有無、後から株式会社へ変更する場合の手続きと費用まで、判断の順番に沿って解説します。
